聯合報107年4月10日報導深澳電廠更新擴建環差案港區擴建位處瑞芳水產動植物繁殖保育區，請環保署說清楚保育區迴避開發案之審查疑義，環保署回應說明如下：
一、106年6月15日深澳電廠環差案專案小組初審會議即重視農委會漁業署會中提出「港區擴建涉及新北市政府103年11月4日公告之瑞芳水產動植物繁殖保育區」之意見，具體作成結論要求目的事業主管機關經濟部於下次會議補充說明「行政院農業委員會漁業署所提有無符合所涉水產動植物繁殖保育區相關環境敏感區規定及漁業法第45條規定」。
二、106年9月20日專案小組第2次初審會議，經濟部回應說明：水產動植物繁殖保育區爭點，經台電公司106年7月31日以電環字第1060013728號函致行政院農業委員會漁業署說明本案爭點情形，對於本計畫於瑞芳保育區設置防波堤，說明潮間帶調查成果，施工及營運階段之影響分析、減輕對策，另本計畫開發前之保育區調整將依漁業法第45條規定辦理，該署於106年8月17日以漁二字第1061262334號函復，就台電公司對於上開爭點之說明資料無新增意見。另對於其他非涉爭點之意見（如對於相關減輕對策等內容之建議意見），台電公司後續將依環境影響評估審查作業程序回應。
三、上述水產動植物繁殖保育區議題係非屬環保署主管法規之爭點，專案小組第1次初審會議即要求目的事業主管機關經濟部辦理釐清作業，經台電公司發函表示將依漁業法第45條規定辦理，後續專案小組初審及環評委員會審查過程漁業法主管機關農委會漁業署無新增意見，新北市政府、瑞芳區公所則多就空氣污染議題表達反對意見，而未就水產動植物繁殖保育區表示意見，環保署辦理本案環評審查過程尊重漁業法主管機關之法規認定及程序判斷。
環保署補充，該署於107年4月6日接獲聯合報記者電話詢問本項議題疑義時，即已就上述內容口頭回應說明，惟今日報導內容未完整引述受訪者回應內容，為完整呈現本案審查歷程，該署特以本新聞稿對外澄清說明。