對自由時報8月4日報導「吳揆：中科三期不停產 法院：應全面停工」，指出中科三期案依環評法第14條規定，其開發許可無效，且為「自始、當然、絕對無效」乙節，環保署表示，該署本於環評法主管機關立場，認定中科三期案並不適用環評法第14條及第22條規定，后里當地居民因不服該認定而提出公民訴訟，臺北高等行政法院仍在審理中，所謂「自始、當然、絕對無效」，並非實情。
后里當地居民對環保署上開解釋不服而向臺北高等行政法院提出之公民訴訟，要求環保署依環評法第22條命開發單位停止實施開發行為，同時也提出國科會許可無效之訴，該訴訟臺北高等行政法院尚未開庭審理，媒體如片段引用假處分內容之不完整論述，將引起社會對事件認知之誤解。
環保署重申，因本案屬環評審查結論被確定撤銷之首例，故該署於99年1月28日邀請相關部會研商，並於99年4月26日召開法規委員會99年第1次會議討論，多數贊同認為本案環境影響說明書已完成審查，事後由行政法院判決撤銷，其與環評法第14條及第22條立法原旨及法條文義所稱「自始未經完成審查」情形不同，不構成環評法法第14條第1項所稱「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」之情形，自亦無該法第22條所定開發單位違反第14條之處罰及「並由主管機關轉請目的事業主管機關，命其停止實施開發行為」情形；中科三期七星農場案原已完成環評審查程序，故未適用上開2條條文規範，原開發許可不當然無效，原許可之行政處分應回歸由目的事業主管機關依據行政程序法相關規定處理。
環保署並於99年5月將上開認定函請行政程序法之主管機關法務部解釋，法務部於99年6月回函表示（如附件），環評法第14條之立法意旨應僅限於自始未辦理環評之情形，而不及於環評審查結論公告後被撤銷之情形。亦即環評審查結論之公告被行政法院撤銷後，原開發許可處分既無該法第14條規定之適用，自應回歸行政程序法之適用，其因環評審查結論公告經撤銷時，其後之開發許可處分亦不能解釋為當然無效，而應認屬得撤銷之情形，法務部之解釋，明確贊同該署見解。
至於該不該撤銷開發許可，依行政程序法規定，係屬目的事業主管機關（國科會）之權責，故國科會已依行政程序法規定，依職權衡量對廠商信賴利益保護與欲維護之社會公益，及目前中科管理局已完成之健康風險評估結果在可接受之風險範圍內，故國科會已決定暫不撤銷本案之開發許可。
環保署表示，該署將依臺北高等行政法院假處分案裁定，於7日內函請開發單位自即日起，至「中部科學工業園區第三期發展區（后里基地—七星農場部分）開發計畫環境影響說明書」重新通過環境影響評估審查時止，停止實施開發行為。