台灣水資源保育聯盟參加本署環評大會（101年10月17日）所提出的新聞稿，指出「依據雲林縣政府公文，六輕揮發性有機物（VOCs）已達4,341公噸，甚至可能超過2萬噸，已超過環評總核可量每年4,302噸，環保署不能再接受六輕擴廠審查，審查涉違法」乙案，事涉雲林縣政府公然出具捏造數據、篡改事實並推卸責任的公函，給民間團體據以發布新聞稿，供媒體以訛傳訛等，可嚴重譴責的行為。環保署特予澄清說明，除要求雲林縣政府蘇治芬縣長應即刻於五大報刊登向縣民眾道歉的啟事外，並敦請民間團體勿將縣府提供的假雞毛當令箭，要反過來一起嚴格監督雲林縣政府的誠信及言行的一致性。
雲林縣政府於101年9月12日以府環空字第1013632293號函行文環保署，並提供民間團體據以發新聞稿及舉行記者會。該公函中誤謬之處如下：
一、雲林縣環保局在今年7月詳細核算六輕100年度的VOCs實際總排放量後，陳報環保署的是3739公噸，未超過六輕的環評核定量每年4302公噸。在上述9月公函中卻說環保局再計算六輕101年度的VOCs排放許可量(請注意，說的是許可量不是實際總排放量）應該是4,341公噸，已超過前述六輕環評核定量，因此據以要求環保署駁回六輕4.7期環評申覆案，民間團體亦據此要求環保署退回所有六輕擴廠環評案的審查申請。公函中明顯的誤謬是，排放許可量是雲林縣政府依法負責核給的，縣政府根本不應該核給六輕大於環評核定量的排放許可量，何來超過的說法。雲林縣政府應該告訴大家的是，環保局應該核算六輕101年度的VOCs「實際總排放量」，有沒有超過環評核定量。如果超過，現在六輕停工中的工廠，縣政府要不要不同意復工，以免總排放量超過環評核定量。這是雲林縣政府有完整的權力與責任可以作到的事，以保障雲林人的生活環境與健康。放著自己核發許可的權力不用，卻用糢糊的公函文字來誤導民間團體，將問題推給環保署的環評審查，縣政府的行事用心可議，蘇治芬縣長應該對自己不善用權力及未善盡責任查核六輕實際的排放量來保障雲林人的健康，公開向縣民道歉。
二、其次更離譜的是，雲林縣政府9月公函建議駁回六輕4.7期環評申覆案所持的另一項理由，在說明四提及本署100年1月公告的排放清冊（TEDS），記載六輕VOCs排放量已超出環評核定量4,302公噸/年，甚至超過每年9,000公噸。環保署澄清，TEDS資料庫的排放量資料，是由地方環保局審核空氣污染防制費及查核排放量申報資料後進行登錄及修正的。其中TEDS 7.0版（於98年6月完成）是以96年作為基準年，其所登載的六輕VOCs 排放量為9,188公噸/年；而TEDS 7.1版（於99年10月完成）修正登載的六輕排放量為16,131公噸/年，都是雲林縣環保局所登錄的資料。據環保局表示，此二次登錄的資料，因為六輕不配合核算，是環保局自行估算以偏高的數值登錄。雲林縣政府後來在六輕的充分配合下，於100年8月完成的查核結果，已修正登錄基準年96年的VOCs排放量為3,965公噸/年，並未超出環評核定量4,302噸/年。六輕空氣污染防制費核定過程的各項資料係由雲林縣環保局負責登載，其確實查核後核定的排放量與其初估登錄量差異大，本署資料庫皆保留登錄過程的歷次數值，以顯現登錄數值的變動，並說明變動的原因，接受各界監督。雲林縣政府的9月公函居然引用自己更正前大幅偏高的初估數字，在說明五卻説成是「依據貴署資料，...顯示六輕VOCs排放量每年已超過9,000公噸，故建請駁回六輕申覆案」，其刻意誤導民間團體的用心極為明確。
三、雲林縣政府更誇大的是，在9月公函的說明三表示，六輕「如以環保署依公告的法規係數計算，則排放量高達19,799公噸/年」。縣政府明知依據空氣污染防制費收費辦法授權訂定之「公私場所固定污染源申報空氣污染防制費之揮發性有機物之行業製程排放係數、操作單元(含設備元件)排放係數、控制效率及其他計量規定」公告事項四規定，經環境影響評估審核通過之公私場所，得依原環境影響評估審核承諾之排放係數計算揮發性有機物排放量。另依雲林縣環保局101年6月13日函送本署「雲林縣離島式基礎工業區揮發性有機物排放量計算準則作業手冊」之1.4節揮發性有機物排放量計量準則適用順序，也將經環境影響評估審核承諾之計算方式計算其VOCs排放量列為優先適用順序。且雲林縣環保局於歷年審核空氣污染防制費時，也都同意六輕使用環評核定係數申報，並沒有引用雲林縣政府認為更適當的設備元件排放係數予以核算。此外，雲林縣政府在核算六輕100年VOCs總排放量時，也是引用環評核定係數核算登錄六輕VOCs總排放量，結果仍低於環評核定量4,302公噸/年，卻刻意在公函中，把自己也不採用的係數，拿來算出超高的排放量，提供環保團體引述「六輕VOCs排放甚至可能超過2萬」，轉供媒體報導這令人驚悚的數字，創造污名化六輕及環保署的機會，來誤導社會大眾。
擁有管制污染維護民眾健康公權力的政府機關，有責任澄清各界質疑，依法處分以安定民心。但是綜合上述說明，卻見雲林縣政府處心積慮糢糊事實，誤導民間團體及民眾，將縣府責任上推環保署，其行事用心可議。蘇治芬縣長應該對自己不善用權力及未善盡責任來保障雲林人的健康，公開向縣民道歉。環保署除要求蘇縣長應即刻於五大報刊登向縣民道歉的啟事外，並敦請民間團體勿將縣府提供的假雞毛當令箭，要反過來一起嚴予監督雲林縣政府後續查核六輕VOCs的實際總排放量及是否因此不核准停工中工廠復工的誠信及言行的一致性。
另外，民間團體在新聞稿中提出（1）長春企業麥寮廠廢水排放總量不能超過每日5248立方公尺，而離島石化工業長春企業麥寮廠第5次環差定稿本之每日廢水已達8120噸，已超過環評核可值，（2）101年8月第6次環差修正稿拿掉初期暴雨收集廢水每日930噸，以避免超過環評核可值，（3）長春企業及大連化工皆未提報8根煙道設置廢氣流量連續監測設施（CEMS），等涉及違法的質疑。由於上述質疑都在雲林縣環保局依據水污染防治法及空氣污染防制法的權責範圍內可以查證的事項，環保署將責成雲林縣環保局查證其違規事實後依法處分，並在環保署環評委員會審查六輕環評差異分析的相關會議中説明查核結果。
搞清楚問題原來就是環評審查過程要做的事，審查期間民間團體提出的質疑須要明確澄清，但該民間團體所發新聞稿，提出澄清違法問題前不要審查六輕擴廠環差分析案的主張，在現行環評法的規定中，並無可採納該項主張的依據。