針對壹週刊雜誌於99年1月13日第451期刊登「藻毒入侵全台水庫官方隱瞞石門毒水致癌」報導，內文不實指稱環保署隱藏相關報告、故意「張冠李戴」比對錯誤、故意曲解報告內容數據及誇大不實等，意圖誤導大眾，毀損環保署名譽及政府公信力，環保署決定提出告訴，以正視聽。
刑法第310條第1項規定：「意圖散布於眾，而指摘或傳述足以毀損他人名譽之事者，為誹謗罪…」；同條第2項規定：「散布文字、圖畫犯前項之罪者，處二年以下有期徒刑、拘役或一千元以下罰金」。壹週刊負責人裴偉、總編輯陳志峻、記者溫惠敏與編輯工作人員陳美靜等人對前開報導內容，不僅未盡查證之義務，扭曲事實之真相，顯已逾越合理評論之範疇。且環保署於刊載當天主動發函至壹傳媒出版有限公司，要求應於下期（452期）以相同版面篇幅加以澄清，惟被告等人皆置之不理。是以該署於今日正式提出告訴，以遏止該媒體之不實報導。