有關自由時報於101年6月6日刊載周益忠教授所發表「水利節
憶林先生 悲馬政府」文中提到「濁水溪南岸的雲林鄉親飽受風吹沙之苦」一節，環保署表示，周教授對濁水溪揚塵的觀念尚停留在以往的情境，不知中央及地方政府這幾年對濁水溪揚塵所作的努力及成效。以崙背測站為例，PM10最高濃度由98年度2,532μg/m3降至100年度120μg/m3，PSI＞100日數由98年度的14日，至100年度降為1日，已大幅改善濁水溪揚塵；且99年與100年濁水溪無揚塵陳情事件，雲林縣政府於101年3月6日亦發布新聞說明濁水溪風砂有改善，顯示濁水溪揚塵獲得實質改善。另風飛砂現象大幅改善的這兩年期間，集集攔河堰仍持續攔河取水，可見該堰的操作並非風飛砂形成的原因，過去歸責該堰的說法仍是揣測之言。
環保署指出，河川揚塵問題有其歷史背景、大自然氣候變遷影響及人為開發與管理等因素，都要妥善解決，極為不易。因此，為解決濁水溪揚塵問題，自97年起，環保署即成立跨部會專案小組，定期邀請水利署、河川局、林務局及雲林縣政府召開專案會議，以揚塵最嚴重的濁水溪為改善目標，迄今共召開16次專案會議，建立平台統合登錄，共同推動抑制揚塵各項工作。
環保署表示，中央與地方政府依權責分工，共同執行減緩河川揚塵措施，水利署已完成濁水溪植生綠化約55公頃及水覆蓋約130公頃；林務局完成約25公頃造林。該署於東北季風盛行期間，巡迴機動監測，即時提供監測資訊供民眾參考，並於100年度及101年度編列補助經費，由雲林縣政府針對受河川揚塵影響的鄉（鎮）執行預警通報、教育宣導、防護演練及環境清理等計畫。環保署也呼籲，民眾及產官學界共同合作，努力防制河川揚塵，改善民眾生活環境品質。