為瞭解六輕計畫營運10餘年時間對環境衝擊程度，環保署委託學者專家從經濟、環境、社會、文化及健康層面等進行評鑑，俾提供未來改善之依據，學者普遍提出對廢氣燃燒塔之使用管理應加強。環保署表示，自97年12月潮寮地區空污事件後，即開始著手研擬強化廢氣燃燒塔管制規範，並持續進行管制工作。
環保署說，依「空氣污染防制法」規定石化製程廢氣燃燒塔之最佳可行控制技術，為採用蒸氣輔助燃燒型式或增設緩衝塔或加壓凝結設備，並於因應緊急程序將原物料導入燃燒塔處理之年操作總時數應低於100小時。另查「揮發性有機物空氣污染管制及排放標準」對廢氣燃燒塔之管制規定，已規範母火不能熄滅，應設置具有記錄功能的感知器或監視器，以監視母火是否維持，並於進廢氣管線設置具有廢氣流量指示器。而對於揮發性有機物削減率、總淨熱值與排放速度限值應符合規定，相關法令業已清楚規範使用方式。
六輕現設置有44座廢氣燃燒塔，進入廢氣燃燒塔的廢氣來源等使用情形，經查六輕已依規定向雲林縣環保局申報。另雲林縣環保局並於97年起要求六輕所有廢氣燃燒塔裝設廢氣流量即時監測並連線至環保局，有效掌握使用情形。此次總體檢會議學者專家所提出之廢氣燃燒塔使用時間疑義，因現行法規並未對於非緊急程序加以詳細認定，致查核不易。
現為使廢氣燃燒塔回歸緊急防制用途，本署已進行揮發性有機物空氣污染管制及排放標準的修正工作，已辦理預告及公聽的辦理草案條文中，規定廢氣燃燒塔使用時機，公私場所常態性排放之廢氣，不得使用廢氣燃燒塔處理，但遇緊急狀況、開車、停車、歲修或地方主管機關認可之必要性操作才能使用。並要求提報使用計畫書供地方主管機關審查，並加裝廢氣成分、熱值監測設施連線，及要求石化業者應提供二十四小時電話服務專線，接受民眾詢問廢氣燃燒塔使用事宜，若發生廢氣燃燒塔大量使用情形，應向民眾說明排放事故之原因、種類及立即採取之緊急應變措施，大幅加嚴管制措施。
另查99年該局進行稽查，亦有兩次廢氣燃燒塔操作超過無煙設計流量，已依違反許可內容告發處分。目前雲林縣環保局為充分掌握進氣成分，已全面要求六輕裝設線上成分分析儀，現已裝設3支，環保單位將持續加強稽查管理。
環保署說，除廢氣燃燒塔外，其他如儲槽及設備元件揮發性有機物管制，該署已於99年5月5日預告「揮發性有機物空氣污染管制及排放標準」修正草案中，加嚴各項污染物排放標準及管制規定，並已召開多次研商及公聽會，預訂於年底修正發布，強化管理工作。另查雲林縣環保局已邀集六輕業者，正依該草案內容提前進行改善作業，以即早符合修正後之規定。
環保署表示，有關雲嘉南空品區空氣污染管制工作，該署自87年起即結合雲嘉南縣市環保局共同執行，有關六輕對附近縣市之影響，亦均持續監測並透過執行各縣市空氣品質改善維護計畫，並定期召開空品區會議，督促及協助縣市環保局執行管制工作。依據該署統計99年1到9月雲嘉南空品區空氣品質不良率（PSI＞100）比例為2.4%較去年同期2.61%、前年3.33% 持續進步。有關六輕等重大排放源，本署將持續透過監測及模式模擬，加強稽查管制工作，以持續提昇及維護雲嘉南地區空氣品質。