環保署針對近日媒體報導「宣導衛生紙丟馬桶」再次重申表示，衛生紙使用後投入馬桶，雖方便解決部分個人如廁舒適問題，但考量我國公共污水下水道普及率約18％，近六成家戶仍以化糞池處理產生之糞尿污水，但化糞池處理效率普遍不佳，衛生紙投入後除會溶解增加污水污染濃度，造成整體河川水體水質惡化，亦因化糞池僅有厭氧處理作用，也會產生溫室氣體甲烷的排放。
其次，如衛生紙進入公共污水下水道系統處理，仍需以馬達加壓輸送，也會造成能量消耗。此外，進入污水處理廠處理，亦要耗費能源。反之，如採目前的焚化處理，因衛生紙屬高熱質廢棄物，經焚化後可增加發電量及熱值回收，將有助於整體節能效果。
另考量國人使用習慣，廁所普遍設有垃圾桶用以丟棄面紙、生理用品、擦手紙、尿布等，並不因將衛生紙投入馬桶而減少垃圾桶設置。考量環境衛生及民眾觀感問題，環保署建議，廁所內可設置加蓋垃圾桶，並定期打掃清理，避免垃圾滿溢。
環保署表示，經綜合考量前述因素後，衛生紙投入馬桶雖可改善部分個人如廁舒適感，但卻會增加整體大環境的污染負荷。因此，該署強調，部分衛生紙雖有商品標示可投入馬桶，基於保護整體環境立場及宣導效果，現階段仍以向民眾宣導，衛生紙不宜投入馬桶，以投入有蓋垃圾桶方式收集處理，為符合環保之較佳處理方法。國外普遍採用之方法，未必即是最環保方法，例如國外下水道系統用戶普遍使用之鐵胃，在我國之烹調方法下，即為不宜鼓勵使用之設施。