中國時報8月10日社論「處理中科案 須保住廠商投資信心」一文，指稱環保署及國科會這兩年怠忽職守部分與事實不符，特此澄清。
中科三期案經民進黨執政時期的環保署於95年7月31日公告審查結論在案，其後經臺北高等行政法院於97年1月31日判決撤銷審查結論，當時的環保署於97年2月19日提起上訴，至新政府執政後的今(99)年1月21日，最高行政法院才判決撤銷原環評審查結論，詳見大事紀如後附。依行政訴訟法第212條第1項規定，本案審查結論於上訴期間仍屬有效，環保署須待最高行政法院判決上訴案定讞之後，不可能在上訴期間即重啟環評程序，因此不應以此段期間評斷環保署及國科會怠忽職守。
文中提到「中科的環評只做到第一階段，原來該補足的十餘項附帶條件迄未補件，帶有公民參與的二階環評迄今未做」，即屬誤解。環保署95年7月31日所公告11點審查結論，是環評委員經審查後，決議通過環評報告書時，要求開發單位日後於開發進行中及完成後營運時必須確實執行的事項，係課予開發單位於一般環境保護法規之外，增加應遵守的更嚴謹的「條件」，以確保開發行為無嚴重環境影響之虞，並非環保署及國科會須補正的事項。另外，本署環評委員會進行一階環評審查時已有公民參與的設計，並非二階才有。而須進入二階環評審查，係環評委員會於一階環評審查的環評大會中，依集合之專業判斷，認定所獲資訊不足以判斷「無嚴重環境影響之虞」時，做成的決定。本案環評委員會的審查決定，並未有認定資訊不足而應進入二階環評之情形。本案原環評審查程序已依法執行完備，廠商亦因此得合法之開發許可。
開發單位早已遵守原審查結論要求，於開始營運前97年11月24日提出健康風險評估報告，且評估結果為健康風險在可忽略的範圍內。環保署亦已於97年12月24日、98年2月23日二次召開審查會進行審查。惟今(99)年1月21日本案因訴訟撤銷原審查結論定讞後，依判決意旨必須再進行環評審查重做結論，中科管理局於99年3月12日補送相關資料，環保署亦於4月12日、4月29日、5月27日召開初審會(會中並須強力排除抗議人士以程序發言阻撓，維持議事順利進行)。另採行由爭議各方推薦其信任之流行病學專家，於7月5日召開專家會議，以擴大公民參與，審查開發單位再度提出之健康風險評估報告，並依審查結果要求補充資料擇期再審。中科管理局已於今(10)日提出補充資料，環保署將盡速安排審查會議。此過程環保署及國科會一直積極辦理相關工作，並無怠惰，更不宜以此歸責其首長。