10月17日媒體報導指稱：「環保署針對20家養豬戶調查，有養豬戶質疑，豬怎麼可能使用豬廁所」，環保署說明與回應如下：
一、此項調查作業乃係環保署於99年辦理清潔養豬先期規劃計畫，藉由對未採行源頭減量或資源化再利用之20場養豬戶進行實場調查，釐清與研析清潔養豬執行上可能遭遇困難點，以對症下藥。
二、依據國內推動清潔養豬之實場經驗，例如雲林縣山東牧場與屏東縣大成長城牧場等至少具有50%以上之廢水減量實績，且由管理良好之實場發現，利用豬之動物行為及習性，加以引導訓練後，豬隻具有在固定地方排泄習性，運用豬廁所即可達良好源頭之省水減污效果，亦有助於後續豬糞能資源循環利用。
三、另環保署為確實瞭解豬廁所執行成效與環境效益，已於99年底補助宜蘭縣、彰化縣及雲林縣政府辦理豬廁所示範計畫，以彰化縣為例，初步評估半數以上之示範戶能減少用水量50%以上、減少畜舍沖洗時間30~80%、減少人力負荷50~90%與節省電費50~70%，且可增加篩除豬糞便60~80%，減少水污染之排放。有鑑於豬廁所之推動具省水減污之效，100年苗栗縣、新竹縣、嘉義縣、台南市、高雄市及屏東縣等地方政府亦積極投入，期解決畜牧廢水問題。截至9月底已完成100場、3,721座豬廁所設置作業，至年底共預計完成173場、6,920座。
環保署表示，依目前示範場設置結果，清潔養豬對養豬廢水與污染減量確實具成效，未來待全數設置完成後，更可進一步研析示範場執行成果，以建立最適化推動方式。