有關99年7月31日聯合報報導蘇治芬縣長說，工業局縱容六輕「球員兼裁判」，任由六輕關起門來自己監測環保，再將數據透過工業局轉送縣府備查，指控「中央長期放縱六輕劃地為王，才衍生嚴重的公安及環保問題」等不實言論，已嚴重誣衊中央政府。環保署表示，雲林離島式基礎工業區石化工業綜合區開發案環境監測工作，係依據「籌建烯烴廠暨相關工業計畫」環境影響評估審查結論辦理，由開發單位（台塑企業）每季提出「雲林離島式基礎工業區石化工業綜合區開發案環境監測報告」送環保署、雲林縣環境保護局、經濟部工業局、六輕監督委員審查。另環保署自96年起，亦將每季環境監測報告登載本署六輕環境保護監督專屬網站，供各界查詢。前述監測報告提送單位，包括雲林縣環保局，都可以對其提出每季環境監測報告內容進行審查，倘發現監測結果有造假情事，可以直接依偽造文書移送法辦。如發現監測結果有任何問題或質疑，包括雲林縣環保局等，均可以請台塑企業提出補充說明或釐清，甚至環保局亦可本權責逕依空氣污染防制及水污染防治等相關法規，至廠內進行稽查處分。
環保署表示中央與地方之權責分工，在各環保法規均相當明確。舉例而言，為即時掌握污染源排放現況，環保署依空氣污染防制法第23條規定，公告應在煙囪設置空氣污染物自動連續監測設施之工廠，工廠依規定設置好自動連續監測設施後，監測數據依規定應連線至縣市環保局，環保局對該些數據應隨時監控並負審查其正確性之責任。六輕離島工業區依規定應設置並與雲林縣環保局連線之空氣污染物自動監測設施，共有33支煙道，主要為蒸氣鍋爐及發電製程，監測項目包括：粒狀污染物不透光率、二氧化硫、氮氧化物、排放流率及溫度等，雲林縣環保局可依與其連線之自動監測數據監督六輕工業區做好空氣污染防制及監測工作，如經確認超出排放標準屬實，自可據以告發處分，並限期改善，必要時得勒令其停工停業。
環保署再次強調，中央及地方權責在相關環保法規均有明定，有關雲林離島式基礎工業區石化工業綜合區開發案之環境監測工作，依法雲林縣政府均可進行稽查管制，雲林縣政府亦可依各相關環保法規強力執行六輕環境監控及污染管制工作；中央亦將本於督導及協助之立場，與雲林縣政府共同合作，做好相關後續之污染管理工作。