有關報載台灣中油公司董事吳光興、孫志偉及吳土水針對本次空污費事件將提告環保署沈署長及謝處長等人涉及毀謗罪乙節，環保署說明，本次空污費事件紛擾係起因於蘇貞昌任行政院長時核定的浮動油價計算公式設計瑕疵，該等台灣中油公司董事於環保署向其說明事實真相後仍興訟，不僅找錯對象且無助事實的釐清。
環保署說明，蘋果日報於99年2月8日報導中油台塑超收開車族13.7億空污費，表示現行油價計算公式中，除計算國際原油價格，也會將貨物稅、石油基金、土壤與水污費、營業稅及空污費等各級稅賦納入。另依據台灣中油公司2月8日下午新聞稿亦表示：「現行浮動油價公式各項稅費中，有關汽、柴油空污費係依據環保署公告空氣污染防制費收費辦法之第三級（汽油每公升0.19元、柴油每公升0.20元）來計算油價。」該署表示，身為空污費徵收的主管機關，針對社會大眾及媒體疑慮，有必要說明，因此於2月8日傍晚發出新聞稿，引用前述蘋果日報及中油新聞稿內容，說明油價計算公式若有列入「空氣污染防制費」法定名詞，進而於售價中向消費者收費，則應該採向該署繳多少錢，始向消費者收取多少金額的方式辦理為宜，若有如媒體報導所指繳少收多之狀況，則應以適當方式退還消費者，並表示將赴中油公司了解自85年空污費徵收以來其油價計算方式與實際繳交之空污費是否反映於油價中等所有事宜。
另針對媒體報導空污費係「代收代付」，該署已於99年2月9日由署長出面說明在88年4月以後空污費改向油品銷售者徵收，非屬「代收代付」性質。另為協助澄清社會大眾的疑慮，該署亦於99年2月24日再次發出新聞稿，說明浮動油價公式是造成此此紛擾的原因，而該署沈署長於是日接受媒體專訪時，亦公開表示空污費紛擾係起因浮動油價計算公式，非歸責於台灣中油公司。
因此針對報載台灣中油公司董事吳光興、孫志偉及吳土水針對本次空污費事件將提告環保署沈署長及謝處長等人涉及毀謗罪乙節，環保署再次強調，此次空污費紛擾事件的原委，確實是因蘇貞昌擔任行政院長時核定之浮動油價計算公式設計時，公式內包含的「空氣污染防制費」項目，是採用第三級油品的最高費率計價所致，整體事件亦由監察院調查中，該等台灣中油公司董事未查明事實真相即興訟，不僅找錯對象且無助事實的釐清。