媒體11月2日刊載民眾投書「環保署毒害中部居民」乙文，文中以不實、聳動字句，誤導民眾認為環評審查不公正客觀，特此澄清、說明：
一、文中敘及「用水而言，環保署所設定的條件，幾乎等於開發單位自己所提的用水規劃」是不實的說明，事實上，開發單位所提的長期16萬噸/日的用水規劃為：「供水來源為大度堰…未來若大度堰未及時供水，則由集集攔河堰水源持續供水」，環評委員綜合農田水利會、經濟部水利署等意見，認為中期6.65萬噸/日的農業調撥用水是環境可以接受的，也同時在環評審查結論上，限縮了調撥農業用水量（6.65萬噸/日為限），並限制了調用期程（長期水源完成前）。
二、文中影射中科會抽用地下水，再把彰化地區整體地層下陷問題作連結，漠視審查結論已要求「開發單位不得抽用地下水」，且忽視自來水公司表示中科使用自來水量0.48萬噸/日（占總用水量3％）由管線檢漏等管理措施來支應，絕不增鑿地下水井，而中科承諾將原開發區域內台糖地下水井（抽水量約2萬餘噸/日）封閉等做法，此外，對於彰化地區地下水抽用跟地層下陷等問題，經濟部水利署已提出整體規劃及因應處理說明（相關資料均已置於環保署網頁），歡迎外界下載參閱。
三、文中提及「放流水總毒性有機物管制項目過時、有意義嗎？」，事實上，在「總毒性有機物」的管制上，中科四期環評審查案是首開先例的。以美國現行標準為基礎下，參考高科技產業製程原料特性及外界關切項目，決定以毒管法列管之毒化物全部納入總毒性有機物中，不僅涵蓋了外界關切項目，未來只要毒管法公告新增的有機毒化物，都將納入排放總量管制，除外，並參考案例增訂了重金屬銦、鉬、鎵、錫等稀有重金屬標準，並非盲目訂定管制限值。針對高科技產品與製程的經常創新，可能使用了對環境影響不明的有害或有毒物質的質疑，審查結論亦要求未來進駐廠商均應與歐盟REACH制度完整接軌，使廠商使用化學物質可以透明化，並遵守歐盟REACH相關禁、限用措施，此一要求經得起外界以高標準檢驗的。
四、電力、水資源屬國家整體資源的議題，且必然與國家整體發展息息相關，且中科四期因用電所增加間接碳排放量部分，已於其他能源開發環評案中討論，並作成審查結論，文中卻避而不談。
五、最後，文中提到「剝奪環保團體與受影響民眾和開發單位與環評委員對話並進而釐清問題的空間」更是漫天大謊，環評審查旁聽機制已執行多年，目的就是在於保障相關民眾團體的旁聽發言權利，以中科四期審查案為例，從初審到大會，相關民眾團體於每次會議都有發言，發言超過160人次，如以每次發言3分鐘保守估計，實際發言時間已達8小時，就事實而論，何來剝奪發言權利之有？相關發言內容亦都納入紀錄提供開發單位回應處理；再者，本案環境影響評估審查資訊均已公開於本署網站，並提供民眾表達意見。本署一向認為環評應以專業審查為主，權益相關者之參與機制亦應予以保障，但如果將維護會議基本秩序之要求，都認為「剝奪發言空間」，本署深感遺憾。
中科四期環評審查案，環評委員會於10月30日作成了有條件通過環評審查的結論，係秉持著本身環保專業學識及已調查確認的科學事實證據，再把民眾團體的種種擔心納入考量，把外界質疑事項逐一釐清處理，具體提出了19項條件，作為本開發案依環評法必須履行的條件，換句話說，環評委員認為在這些條件與承諾的要求下，中科四期開發案對環境的風險程度是可以接受的。對於外界或環團所擔心的問題，也要求環境監測及監督小組運作來及時反應，予以防阻其發生。
關心本案的環保團體等相關權益機關，在環評過程所提出的眾多意見，環評委員確已都接受到，並針對意見，要求應該釐清的機關單位提出明確的說明回應，不管是申請開發的中科管理局、負責水資源調配、地下水管理的經濟部水利署等，在環評結論作成前，都已將其回應內容提供環評委員參考，並將實際存在的爭議納入審查的重要參考。本署認為環評資訊公開及公眾參與為推動環評之重要工作，也已確實做到，日後亦將持續推動以符合民眾期待。