環保署表示，隨水費徵收之垃圾清除處理費，係縣市政府依廢棄物清理法第24條規定徵收，並應用於各縣市轄內一般廢棄物之清除處理作業工作所需，非屬環團建議用於調查水源區污染費用。
環保署表示，一般廢棄物清除處理費係各縣市政府依廢棄物清理法第24條及一般廢棄物清除處理費徵收辦法規定，為執行一般廢棄物之清除、處理，依清除處理成本，以按用水量（隨水費徵收）計算徵收或按戶定額計算徵收或按垃圾量計算徵收等方式，向轄內家戶及其他非事業徵收費用，而各縣市所徵收之清除處理費用係用於支應轄內執行一般廢棄物清除處理作業之人工成本、處理場（廠）土地使用成本、回饋金與各項廢棄物清除處理機具或設備、設施之購置、操作維護等費用所需，該項清除費處理費無法支應用於水庫區污染調查費用。
環保署強調，目前各縣市所訂徵收之一般廢棄物清除處理費，仍不足支應轄內一般廢棄物清除處理工作所需，且依廢棄物清理法規定，並無法將徵收之垃圾清除處理費用於調查水源區污染費用。