針對烏山頭水庫周邊編號SK1監測井測得砷含量達0.056 mg/L，環保署日前已發布新聞稿澄清說明，因該井不在飲用水保護區內，不宜與第一類地下水污染管制標準0.05 mg/L（位在飲用水水源水質保護區內）比較，應與第二類地下水管制標準0.5 mg/L（非位在飲用水水源水質保護區內）比較，竟而遭環團批評「水源區測出超過管制標準的砷，環保署置之不理」及「明明在自來水保護區內測到超過管制標準的砷，還可以辯解這水井不在飲用水保護區內，無所作為，這是罔顧人民生命」等，環保署特做出以下五點回應：
一、烏山頭水庫水源取自曾文水庫發電尾水（為地表水），沒有使用地下水。依自來水公司定期監測及環保署檢驗所99年2月檢測烏山頭水庫原水，結果顯示砷含量介於0.001-0.0017 mg/L，符合飲用水水源水質標準0.05mg/L；經淨水程序處理後之自來水砷含量已屬無法檢出(小於0.0006 mg/L之偵測極限)，亦符合飲用水水質標準0.01mg/L，應無遭受地下水源污染之虞。
二、水庫原水需經淨水程序處理後，才供民眾使用。根據調查顯示，傳統淨水處理之膠凝混凝單元，不論使用鋁鹽或鐵鹽做混凝劑，對三價砷均有良好的去除能力。相關砷的技術處理資料請參考http://www.tlch2o.com/courses/Arsenic.PDF。
三、有關為何地下水會檢測出砷，其來源究竟為何？根據研究資料顯示，因岩石及土壤溶出作用所致，地下水砷含量原本即較高，加上不同井監測數據尚屬相同量級，及烏山頭水庫附近無工廠等污染源，推估可能是自然環境背景所致。
四、針對外界關切地下水檢測出砷含量，是否會流向烏山頭水庫，經查斷層造成之影響可能有「利導」或「阻水」效果，是否會沿著斷層裂隙流向水庫，尚須需透過專業調查及專家會議，再進一步釐清。
五、直轄市、縣市政府依「飲用水管理條例」劃設的飲用水水源水質保護區，與經濟部依「自來水法」公告的自來水水質水量保護區有別。飲用水保護區之劃設，係為飲用水水質把關，於飲用水保護區或取水口一定距離內之地區，禁止法定12項污染行為。自來水保護區則係基於水土保持、防止水源污染及保護水質、水量等之事實需要劃設，因有涵養水量之考量，故一般而言，面積會大於飲用水保護區。飲用水保護區之劃設，已充分保障飲用水水源水質安全。
最後，環保署再次強調，針對地下水含砷是否影響烏山頭水庫的飲用水水質，該署極為重視，相關監測工作均持續進行，並非如環團所言置之不理。建議外界應理性客觀就問題本質加以釐清，不宜就檢測數據大做文章，以免造成不必要的恐慌或問題失焦。