環保署表示，地球公民基金會等民間版本所提要求毒管法全面登錄及資訊公開部分，與行政院版本修法方向並無不同。行政院版本毒管法修正草案第7條之1，授權中央主管機關訂定化學物質登錄管理辦法子法之法源依據，未來將於子法中針對「達一定數量，指定種類之化學物質」，依國內現況（中小企業佔大多數）之特性，訂定新及既有化學物質之登錄門檻。依勞委會所調查我國既有化學物質清冊中，我國未達一噸之化學物質達4萬種以上，如於毒管法母法中明定「一噸以上」，恐將造成4萬多種化學物質免登錄之重大漏洞。
環保署表示，參照歐盟REACH對有毒或無毒的化學品均要求製造者及輸入者完成危害評估及登錄，本身就包含了公開資訊的目的，以便政府更全面篩選毒性化學物質加以更周密的管制。因此以修改毒管法授權環保署進行化學品登錄，完全符合毒管法立法目的，並非大腳想塞進小鞋裡。
民間版本要求強調的資訊公開部分，於現行毒管法第41條已有明定「本法有關化學物質之物理、化學、毒理及安全資料，不予保密」的文字，已可據此將化學物質的基本資訊在網路公開免費供民眾查閱，不須再行強調。除非政府希望以收費方式提供民眾使用，才需在法中加以敘明以便得到明確的授權。環保署100年12月30日送行政院審查版本含「資訊公開」文字，與現行送立法院審查之行政院版無「資訊公開」文字不同，是行政院審查時對立法體例及文字處理的決定。個別法中沒有資訊公開的文字，不代表不能依據我國「政府資訊公開法」將資訊公開，環保署所掌管各個環保法規沒有資訊公開的文字，仍然依據「政府資訊公開法」上網公開各種資訊。
既然地球公民基金會在102.03.26的新聞稿中說，原來署版有資訊公開文字在院版消失了，就不是基金會新聞稿中所說的毒管處「始終」不願納入民間建議。現在已有立法委員提出版本，於第7條之1第4項要增加資訊公開的文字，雖然在個別法中，政府不是一定要有資訊公開的文字才能公開資訊(環保署所掌管各個環保法規沒有資訊公開的文字，仍然依據資訊公開法上網公開各種資訊)，但是為了強調，而增加資訊公開的文字，環保署會尊重立法院審查的決定。
環保署再次澄清，環保署署長(102.02.26)及毒管處同仁(102.03.14)二次拜會蘇召集委員清泉時，均無表示過「毒管法沒有爭議，也沒有其他版本」；102年2月26日環保署毒管處長，赴田秋堇委員辦公室說明毒管法修法重點及宜與國際逐步接軌的期待，主要考量是化學品登錄管理制度在美國等先進國家與歐盟REACH亦有差異，因各國使用化學品品項及評估條件的不同而有不同的重點，我國未來亦需考量國情及我國立法體例，據以訂定相關子法。
地球公民基金會對於立法體例或強調的重點與院版仍有不同的見解。既然修正草案已在立法院審查，就向委員去講道理，及早爭取委員幫忙提案，並請委員協助說服其他委員支持，不須先經環保署同意，環保署最後也會尊重委員會的決定。社會上的任何團體和個人，當然都有權利檢視、監督政府政策的缺失與不足，但此案地球公民基金會何須在即將審查前夕，以召開記者會的方式惡言抨擊環保署且扭曲其用心。