垃圾清除處理費徵收方式包括隨水費徵收、按戶徵收（針對非自來水用戶）及隨袋徵收三種方式，其中以垃圾隨袋徵收方式較具有分類及減量的經濟誘因，民眾做好垃圾減量及資源回收，即可減少購買專用垃圾袋的費用。臺北市自89年7月1日、新北市自99年12月1日起全面實施垃圾費隨袋徵收，另臺中市石岡區試辦隨袋徵收，實施後於垃圾減量及資源回收皆有良好的成效。
環保署表示，一般廢棄物清除處理費徵收辦法針對三種方式分別訂有徵收費用的計算公式，地方政府應依垃圾清除處理成本及公式計算垃圾費徵收費率，以確保所收取的垃圾費能夠支付垃圾清除處理相關經費，維持清理體系的運作，並符合污染者付費的精神。