對蘋果日報4月27日刊登「一群工程教授的懺悔」，文中有諸多錯誤及似是而非之言論，環保署鄭重呼籲外界應先以客觀態度了解中科三期案全貌，而非以一知半解之事實誤導社會大眾。
首先，作者指稱環保署無視健康風險評估研究者指出其研究之限制、結果的適用範圍與不確定性，即廠商之資料不全造成該研究的假設未必與未來情況相關，而仍延伸解釋其結論為此案「屬於可接受之風險」云云，此為第一大謬誤。論斷此案「屬於可接受之風險」，其實為中科三期案所提出之健康風險評估報告結論所載明，而非環保署自行去延伸解釋。受委託之專家本於專業及倫理，若於研究中發現研究方法有侷限性，應告知委託單位，或於報告中明確敘明所撰寫之報告不能解釋為中科三期廠商的營運不會對其鄰近民眾健康造成影響之依據。惟后里農場案及七星農場案之健康風險評估報告，結論及建議章節僅建議「中科管理局儘速建立后里地區居民的健康背景資料，並且持續進行流行病學的追蹤」，對於投書指稱之疑慮並未於報告中表明。受委託者應本於專業立場，將研究結果及看法忠實呈現於報告中，而非於報告中未提，卻於媒體提出與自己所提報告結論有所出入之評論。
研究方法有其限制及不確定性，這點即使非專業工程師都知道。環保署依據開發單位所送來之報告進行審查，不可能、也無須去幫開發單位作延伸解釋。健康風險評估是對未來尚未發生的事，由受委託的風險評估者根據業主陳述及規劃的內容，盡專業所能協助業者進行，對未來的預測本來就有不確定性，因此均以發生影響的機率，來表達評估結果，供業主決策及協助社會大眾了解決策背景。此種科學的陳述本來就沒有要研究團隊替業主作百分之百的保證，一定沒有健康影響問題。如果受委託者不在自己報告中說清楚，卻在事後說一些應在報告中說清楚的事，來否定自己的報告，卻認為自己一點責任皆無，本文三位作者也稱研究者已在拿捏專業倫理的平衡點，環保署不知這樣說來，如何才能稱得上專業倫理。且三位作者還稱「法官讀懂了」，更凸顯了三位作者對中科三期案根本一知半解，健康風險評估報告乃依環評審查結論另行提送環保署審查，法院從未調閱，不知作者如何知法官讀懂了。
其次，三位作者又指稱環保署認為只要廠商補足資料就好，忘記補了資料也須重新判斷、檢驗原來的研究是否適用，是否需要重做，這又是在不了解事實下的誤導。環保署從未認為只要廠商補足資料就好，開發單位所補送之資料，本即須經專案小組審查後，提環評委員會討論。環保署為了中科三期案後續如何審查，業已提99年4月6日環評委員會第191次會議報告，並已在99年4月12日召開專案小組第6次初審會，惟因列席團體一直提出程序問題，致無法進行實質審查。
環保署並無意指責司法或與司法造成對立，實因法院判決所造成爾後環評審查行政權之困境，例如：後續案件審查是否仍可依環境影響評估法規定之多數決，或只要一位委員反對即無法作出結論？環保署立場僅為反映上開疑點，後續仍本尊重法院判決重為適法之處分。
環保署表示，作者既然為工程教授，理應以客觀態度全盤了解事實後再以理性論斷。為利外界完整了解中科三期案，環保署已多次主動發布新聞說明，並將相關資訊公開於環保署網站（http://www.epa.gov.tw/ch/SitePath.aspx?busin=336&path=13749&list=13749），觀迎各界參閱。