有關99年8月10日自由時報刊載曾恆輝先生投書表示台塑六輕兩次火災為系統性問題，懷疑政府相關部門對六輕排放污染沒做澈底的管控，有關六輕兩次火災是否為系統性問題，係經濟部所提，該論述亦由該部調查中。至於空氣污染管制部分，各級環保單位均依空氣污染防制法及相關子法規定，嚴格管制及稽查取締。
環保署表示，早自民國89年起，因應六輕的運轉，即使用紅外線遙測技術（FTIR），陸續完成64廠處洩漏源監測，並督導16家工廠進行污染改善。舉例而言，96年5月發現環保署設置的空氣品質監測站監測丙烯值偏高，該署即對六輕可能污染排放源進行查核，共完成9廠查核作業，經要求完成改善，98年丙烯測值已有降低。並定期邀集台塑企業召開六輕工業區空氣污染減量會議，監督其空氣污染減量改善進度與成效。且該署訂定「六輕離島工業區空氣污染管制分工」，整合雲林環保局、工業局等政府相關資源，建置六輕污染源空氣污染物排放分布情形，釐清對居民健康之影響，稽查不合格者嚴格處分並送工業局輔導。
環保署指出，關於曾恆輝先生所提每支排放污氣的煙囪是否裝置持續性排放檢測系統乙節，該署已訂定管理辦法加強規範續自動監測設施的監督、管理、連線及品保程序管制品質。六輕離島工業區現有392枝煙道，依規定應設置並與雲林縣環保局連線之空氣污染物自動監測設施，共有33支煙道，主要為蒸氣鍋爐及發電製程，其餘196枝煙道，需辦理定期檢測作業。雲林縣環保局可依與其連線之自動監測數據及定期檢測監測數據，監督六輕工業區做好空氣污染防制及監測工作，如經確認超出排放標準屬實，可據以告發處分，並限期改善，必要時得勒令其停工停業。
環保署強調，六輕內部設備設計、採購安裝，是否因低價採購而未兼顧品質，係屬工廠管理範疇，應由六輕確實負起責任執行，該署亦將函請經濟部工業局督促台塑集團明確找出發生問題的環節並確實改善，另行政院勞工委員會定期針對六輕辦理廠區工安及製程設備之安全性檢查，環保署亦將持續密切追蹤六輕改善進度，該署並已於99年7月30日發函督促雲林縣環保局監督六輕，於復工前依空氣污染防制法第83條規定，檢具試車計畫向雲林縣環保局申請，經核准後始得進行試車；並於試車期限屆滿前，檢具符合排放標準之證明文件，報經雲林縣環保局評鑑合格後，始得恢復操作或復工（業），並應結合勞工安全檢查機制，共同執行復工評鑑。
為落實六輕相關計畫環境影響評估審查結論及承諾事項之切實執行，自民國83年起環保署即成立六輕監督委員會，成員涵蓋政府部門代表、專家學者、地方居民代表及民間團體代表；於每季召開1次定期委員會，且不定期辦理現場監督查核作業，以核對是否符合環境影響評估審查結論及承諾規定。又鑑於台塑六輕營運已逾10年，為釐清六輕開發對環境整體影響，現正辦理六輕營運10年總體評鑑計畫，以釐清其對環境產生之各項衝擊結果。
環保署表示，將持續督促六輕檢討工安污染緊急應變作業，要求台塑企業強化六輕工安污染處置機制，並督導地方縣市環保局應加強與與各主管機關協調運作模式，以及災後監控等緊急應變的訓練，以維護民眾生活環境及身體健康，俾適度化解社會大眾及民意代表的顧慮與誤解。
環保署再次強調，中央及地方權責在相關環保法規均有明定，有關雲林離島式基礎工業區石化工業綜合區開發案之環境監測工作，依法雲林縣政府均可進行稽查管制，雲林縣政府亦可依各相關環保法規強力執行六輕環境監控及污染管制工作；中央亦將本於督導及協助之立場，與雲林縣政府共同合作，做好相關後續之污染管理工作。