有關媒體5月12日報導環保署表示經與雲林縣環保局共同會商後，決定對台塑丙烯腈廠依空氣污染防制法第24條違法排放廢氣，造成空氣污染，處以100萬元罰鍰。另對六輕異辛醇廠部分，則依空氣污染防制法第20條違法排放揮發性有機物質規定處以100萬元罰鍰，並勒令停工；而燃燒塔部分因有污染，也要重罰100萬元之相關報導部分內容與現況有所不符，環保署特以說明。
環保署表示，雲林縣環保局於本（13）日所召開之六輕工安事故說明記者會資料，已說明本次六輕火災事件造成空氣污染，該局將針對事故起火點的異辛醇廠，及廢氣燃燒塔超過無煙排放標準的丙烯睛廠等兩廠，依據違反空氣污染防制法分別裁罰100萬元並作出停工處分，處分金額共計新台幣200萬元。（雲林縣環保局新聞稿如附件）
另有關報導所指環保署研擬不當利得重罰六輕進行後續處分乙節，環保署說明，針對此次事件，該署並未有如報導之發言，惟地方政府於後續執行稽查工作中，所蒐集之污染事證資料如有適用追繳不當利得情況，該署鼓勵地方政府得加以運用。環保署將持續督導並協助雲林縣環保局持續執行六輕污染管制工作，以確保雲林地區民眾健康及維護環境空氣品質。