對於現行環境影響評估制度中，導入美國與荷蘭行之有年的「生態補償制度」乙案，本署就其制度內涵進一步說明，使關心的國人能瞭解真相。
首先要澄清的是，該社論指稱：「該開發案的環評報告書，調查了工業區外海的中華白海豚將受到影響，然而其保護對策竟然是『以餵魚誘導繞過工業區』。這樣的環評報告書竟然也能通過審查，說明了環評審查如果不是流於形式，就是並未真正以保護生態為念，才逼得環保團體急著搶救附近濕地和中華白海豚」乙節，而事實上，國光石化開發案之環評案仍在環評委員會專案小組審查中，根本尚未通過。且環保署已就國光案對「中華白海豚之影響與因應」召開專家會議，深入討論該開發案對中華白海豚之影響及其保護對策，開發單位可提出有效之保育措施或補償方案以爭取環評委員的認同。
其次，生態補償制度乃基於開發行為對環境會有不同程度之影響與破壞，目前對於個案開發並無具體制度規範，要求業者應負起生態復育責任，因此，在進行個案環境影響評估審查時，有必要以制度化方式要求開發業者負擔「生態補償」之責。此一制度乃為增進環評制度功能，著眼建立通案規則而非為個案而設。
歐美所謂生態補償制度，乃是針對工程建設或道路開發，導致生態系統或棲地破壞，而用復育、改善或創造棲地等方式彌補，藉此維持整體生態環境品質不致失衡。美國在1988年首先提出溼地「無淨損失 (No-Net-Loss)」的保育政策，要求工程開發若減少溼地面積、降低溼地品質，必須在現地或異地設法創造新的溼地，或復育生態加以補償。
其中美國環保署與陸軍工兵署在1990年的協議備忘錄中，提出了補償程序原則(Mitigation Sequence)，即實施生態補償需考慮之順序三大原則：迴避(Avoidance)、減輕 (Mitigation)、補償 (Compensation)，強調當開發行為可能破壞生物棲地時，必須先設法迴避，若無法迴避，則須設法讓衝擊最小化，最後才實施生態補償制度。此制度內涵絕非貴社論泛稱之「用錢買環境破壞權」，相對的，是破除「荒地無用」的迷思，讓開發者也要承擔生態復育的責任。
至於所謂『甚至可能要求開發單位繳交「補償代金」』一節，以美國加州為例，生態補償制度實施初期產生許多不適當的、零散的保育棲地。這些棲地因「生態孤島效應」而逐漸消失或喪失其功能，因此提出「保育銀行」的制度，即是將零星獲得的生態補償地，透過信用額度（credits）的認證，合併為一片廣大並具生態價值的保育棲地，而開發單位透過購買額度參與棲地保育。
此外，再以荷蘭為例，如果當局找尋不到適當的棲地來進行補償，而使實質上的補償方法不可行時，荷蘭環境署將向開發單位課徵保育費用並要求繳至所謂「綠色基金(Green Fund)」中，以作為日後進行異地生態補償之用。但要再次強調，任何財務補償都是最後手段。
生態補償制度之提出，乃是本署實施環評制度十餘年來，各界迭有應將之納入環評之呼聲，且如美國與荷蘭等國亦行之有年。為增進環評制度之生態保育功能，本署始準備進行相關制度研議工作。惟要引進國內實施，仍有待相關法令的修訂以加強配套措施，方能落實生態補償制度。