有關自由時報8月11日頭版頭條「中科三、四期 停工不停產」一文，第三段文字中指稱「95年中科三期健康風險評估報告未通過前，行政院即著手徵地」，及第五段文字中「本案審查結論撤銷後環保署未依法採取必要作為」，並非實情，環保署逐項澄清如下：
一、中科三期徵地事宜與健康風險評估報告之審查並無相關
中科三期案經環保署於95年7月31日公告審查結論在案，所公告之11點審查結論。原審查結論第5點要求開發單位應於營運前提出風險評估報告，開發單位已於營運前的97年11月24日提出健康風險評估報告，符合原審查結論之要求，而開發單位於營運前徵收土地是正常的動作。自由時報的敘述「報告未通過前，行政院即著手徵地」有暗示讀者開發單位行事違反結論要求的效果，並不恰當。
二、環保署一直積極依法作為
文中指稱最高行政法院於今年1月維持撤銷中科三期環評原判，環保署卻未依法採取必要作為乙節，更與事實不符。99年1月21日最高行政法院判決確定撤銷環評審查結論後，環保署即依據法院判決，要求中科管理局提出環境影響說明書包含健康風險評估等相關書件送環保署繼續審查。99年3月12日中科管理局提出相關書件，經環保署於4月12日、4月29日召開專案小組初審會，均因列席之環保團體杯葛而無法審查，5月27日環保署強力排除杯葛後，會議作成結論，就健康風險評估議題召開專家會議。嗣後環保署即依程序於7月5日召開專家會議，結論為補正資料後再審。
至於外界質疑環保署未要求中科管理局撤銷中科三期開發許可乙事，是因為外界對相關法律做了不正確的解讀，事實上，是否撤銷開發許可應由國科會依據行政程序法加以處理，環境影響評估法未有授權環保署，對本案成為違法許可後的狀態加以處理。本署在日前召開的記者會中，已提供資料詳細說明。自由時報的敘述「本案審查結論撤銷後環保署未依法採取必要作為」，並非實情。