有關雲林縣政府呼籲將濁水溪揚塵改善納入擴大公共建設特別預算，環保署就該府將整治濁水溪揚塵回歸專業，不淪入口水戰，給予高度肯定，所建議有關改善揚塵必要之清掃機具及維護費、補助綠化及植樹等補助，以及空氣品質監測、預警機制、環境清理所需費用，建議雲林縣政府可優先由該縣空氣污染防制基金所結存之3億餘元中支應。
環保署表示，該署自95年度起即於濁水溪進行鋪稻草及灑草籽等減緩揚塵措施，97年度更採跳島式植生、噴灑三仙膠、植被等不同工法示範施作，必須確認有效之措施，才能擴大施作，以徹底解決揚塵問題，並定期與水利署、地方政府等召開「濁水溪揚塵防制」專案會議追蹤檢討。目前該署正研擬「濁水溪揚塵防制方案」，將由減緩揚塵、契約規範、宣導及加強稽查等方面著手，未來並將持續召開專案會議，積極協調相關權責單位，進行濁水溪揚塵防制策略規劃整合及推動等事宜。
環保署呼籲，中央相關部會與地方政府須一起合作，共同努力抑制河床裸露地，致力改善當地居民生活環境品質。至於徵收河床裸露空污費建議部份，該署亦將與地方研商，評估其可行性，共同維護濁水溪沿岸居民空氣環境品質。