畜牧廢水為南部二仁溪、東港溪、新虎尾溪及急水溪主要污染來源，環境部採行稽查輔導雙管齊下，今年畜牧業因違反水污法遭告發處分691件，以COD跟SS超標為主；另環境部亦推動畜牧廢水資源化工作，畜牧場應於114年12月27日前完成規定的資源化5%比率之要求。環境部呼籲畜牧業者應妥善操作廢水處理設施，並儘速向地方主管機關申辦資源化措施，以免遭裁處罰鍰處分。
環境部表示，依據「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」第46-1條規定，國內飼養豬隻20頭以上未滿2,000頭及牛隻40頭以上未滿500頭之畜牧場，應於114年12月27日前完成規定的資源化比率，全國5,532家畜牧場仍有44家(1%)尚未完成申請，請業者儘速於期限申請，環保機關即將啟動查處；另農業部亦同步協助推動畜舍高床化、密閉水簾及雨污分流等源頭減量措施，從源頭減少廢水處理設施負荷，並藉由提高廢水中有機質濃度，提升沼氣發電效率。
畜牧場所產生的廢（糞）尿經過處理（如厭氧發酵），轉化成有用的「沼液」及「沼渣」等有機肥料，再施用於農田作為天然肥分，達到減少化學肥料使用、降低環境污染及促進農牧業永續發展的目標，所以環境部積極推動畜牧資源化中心，提供無法妥善處理廢水的畜牧業去化的管道，以臺南八翁畜牧資源化中心為例，由當地畜牧戶以合作社模式建立，將其畜牧糞尿變為沼氣發電，每日可發電相當於6萬多戶的家庭用電量。亦將當地急水溪水質測站的河川污染指數由7.1顯著下降至5.4。
環境部未來畜牧廢水將持續以資源化為主要手段，無法資源化的廢水，才送畜牧資源化中心或經廢水處理設施處理，並搭配持續加嚴管制作為，由地方政府環保機關因地制宜，依據環境品質需要，可研擬訂定總量管制區或訂定更嚴格管制標準等措施，以減輕河川的污染負荷，朝廢水「零廢棄、全循環」邁進。