環境部感謝風傳媒對沼氣生質能的關注與提醒。減碳與綠能轉型本就需要社會各界共同監督、共同把關，主筆從成本效益與治理風險角度提出疑慮，正是環境治理需要的審視，環境部在此一併說明。
關於文章所稱「中央擬投入300億元」一事，需特別澄清：沼氣生質能設施為「環保與污染防治基礎設施」，目的為解決有機廢棄物、廢水之去化難題，減少外部環境成本損耗，並改善水體品質，增進水資源韌性。期以公私協力（PPP）模式，帶動產業界、地方政府與專業機構共同綠色投資，降低民間業者初期建置區域型沼氣中心的技術與資金門檻。這是政策引導示範投入，並公私協力共同達成目標，因此300億元為綠色投資總額，並非政府編列預算全額支應。若將其全數視為政府支出發電成本，會與實際情況有相當落差。
【核心價值為「水體水質保護」與「廢棄物妥善去化」】
國內畜牧糞尿、廚餘及有機污泥若未經妥善集中處理，將造成河川水體嚴重污染負荷。推動聯盟的目的，係針對過往中小型畜牧場「處理規模及專業不足」之困境，促使產業投資建置完整的「治污系統」，具規模經濟之區域型沼氣中心。比照國際上推動經驗，透過產業投資技術及觀念的提升，前期投資將著重於前處理與高效厭氧等設施效能提升技術，以此大幅削減水體污染與處理衍生之異味問題。
【節省外部環境成本為全民共享利益，綠電實為減輕營運負擔】
沼氣生質能必須考量整體環境成本，透過厭氧發酵妥善處理生物質，沼液沼渣能夠還肥於田減少農民化肥使用、沼氣也能夠作發電、熱能使用，不僅可減污創能，更可避免高溫室氣體潛勢之甲烷逸散。綠電收益是減輕設施營運之負擔，加入產業聯盟的成員最大期盼是讓環境永續。
【促參機制推動，公開透明防杜弊端】
對於外界擔憂之防弊問題，環境部強調，未來相關區域型集中處理設施之興辦，將設計誘因由業者積極投資，並依《促進民間參與公共建設法》（如BOT、BTO、ROT等模式）辦理，透過公開透明之招商程序，確保公私協力（PPP）機制正向發展。後續將建立監督審查機制，確保資源分配公正透明，避免少數業者壟斷資源整合情形發生。環境部重申，面對 2050 淨零排放目標及環境治理、減污之雙重急迫性，推動沼氣產業化是將「管末污染負擔」轉型為「資源永續全循環」之必經之路。環境部會持續與社會各界、媒體保持對話，把政策執行細節攤在陽光下，讓減碳與循環經濟的推動，經得起公眾檢視。