莫蘭蒂颱風襲臺前，環保署即啟動相關應變機制，署長李應元指示全力協助地方救災及清理災後廢棄物，希望能透過中央及地方共同努力並協助調度相關清運機具所需，期望讓民眾可以早日回復正常生活。
環保署表示，莫蘭蒂颱風災後，高雄市、臺南市及屏東縣轄內發生多處路樹傾倒，急需抓斗車及清運卡車，環保署依9月15日高雄市、臺南市及屏東縣環保局提出環境清理機具需求，立即調度相關資源，截至9月16日止，已調度支援高雄市15台15噸抓斗車；臺南市4台15噸抓斗車、6台中型鏟裝機及6台小卡車；屏東縣4台15噸抓斗車及2台25噸抓斗車，協助環保局執行災後環境清理工作。
考量屏東縣急需環境清理機具，經環保署協調雙北市重機械救災大隊支援4名人力、1台200型板車、1台200型夾子大怪手及2台50立方米大型斗車(俗稱大牛)，並於9月16日凌晨1時30分出發，以民間力量協助屏東縣環境清理及災後復原工作。
環保署呼籲民眾於颱風過後，請立即整理居家環境，如發現大型廢棄物無法清除時，可立即聯絡當地環保局協助清理，以利環保單位能夠快速地進行各項廢棄物清理工作，加速環境的復原，並對辛勞投入救災的人員及民間團體表達感謝之意。