有關台南市環境保護聯盟於苦勞網發佈將於6月17日至環保署召開記者會，質疑沈世宏署長「利益輸送」聘請林基興先生擔任「非屬原子能游離輻射預警機制風險評估諮詢小組」委員，要求林基興不能擔任委員，並要求環保署依立法院朝野協商結論，將「環境建議值」正名一節，環保署表示，台南市環境保護聯盟部分說法顯有誤解，特予澄清說明。該署指出，有鑑於我國人口密度高，且相關非游離輻射發射源廣泛散布於民眾生活環境中，為確保民眾所處環境之安全並有效減低民眾對於環境中非游離輻射之疑慮，該署遂積極依循「民眾參與、專家代理」機制，並秉持行政中立一貫的超然立場，建置一獨立平台，考量平衡、公正原則，於98年5月邀請環保團體、業界、衛生署國民健康局及國家通訊傳播委員會分別推薦具備「電機、電信（力）工程」及「公共衛生、風險評估」專長之專家學者，組成「非屬原子能游離輻射預警機制風險評估諮詢小組」。環保署強調，該署沈署長及同仁絕無所謂利益輸送由該署聘請特定人士擔任電磁波專家會議委員之情事，特此澄清。
環保署指出，經前述各單位推薦6位專家學者，分別為國立台灣科技大學電機系蕭弘清教授、國立交通大學電信工程系吳霖堃教授、國立陽明大學生物醫學影像暨放射科學系李俊信教授、嘉南藥理科技大學陳椒華教授、行政院科技顧問組林基興研究員及國立成功大學醫學院環醫所郭浩然教授，其中蕭弘清教授係由環保團體及國家通訊傳播委員會推薦、吳霖堃教授及林基興研究員係由電信及電力產業推薦、李俊信教授及郭浩然教授係由衛生署推薦、陳椒華教授係由環保團體推薦。
環保署表示，前述專家會議主席係於98年6月5日第1次專家會議上由6位專家互相推舉，經專家推舉由林基興研究員擔任該專家會議之主席，並就相關非游離輻射問題藉由專家會議進行中立及專業客觀的溝通討論。該署指出專家會議所依循之「民眾參與、專家代理」機制，已執行於環境影響評估等重大開發案件，針對涉及開發者與反對開發者間利益或價值觀的衝突或風險負擔的平衡問題，藉由專家會議平台進行價值與利益中立的、客觀的查核與討論，而所謂之專家會議係由爭議各方推薦與該議題所需專長有關的專家學者參與，參與專家的任務，並非為其所推薦單位或團體的利益發言，亦非站在維護自己的價值觀點而發言，係基於所具專業與專業倫理，於專家會議中就價值與利益進行中立客觀的討論，故專家的評估查核及討論程序不受權益相關者的影響及扭曲，以確保權益相關者的權益能獲得正當且平等的對待，有效考量環境影響評估各面向之風險，達到雙贏的結果，故該署所成立之風險評估諮詢小組亦秉持前述客觀、超然的立場處理相關非游離輻射問題，不可有「圖利他人（廠商），加害於人（百姓），畏難規避，互相推諉」之情事，更不允許偏袒而作出不平衡、不符事實之會議結論。
環保署指出，該專家會議共召開7次會議，已就「非游離輻射科學論述」達成具體共識，該論述並由6位專家審視確認，共識內容主要為：有關非游離輻射議題應依循世界衛生組織相關文件論述，並就世界衛生組織所建議的方式研訂相關預防措施。另環保署為執行立法院社會福利及衛生環境委員會於5月12日召開公聽會，結論建議該署應針對公告之「非游離輻射環境建議值」名稱適用性檢討修正。爰此，該署特針對此議題於6月17日邀請相關專家學者共11位，包含原專家會議6位委員，召開研商會議進行客觀公正之討論，該署亦歡迎相關環保團體與會列席。
環保署表示，針對非游離輻射涉及健康風險議題，該署規劃將另行依循「民眾參與、專家代理」機制，請各界推派健康風險領域適切之專家學者組成專家會議進行研議。