中國時報2月6日刊載邱花妹女士「中科三期應速停工」乙文，有關環保署未「依法行政」下令中科三期停工的說法，其實是作者對現有法令不了解的誤會。依法行政，即依「行政程序法」規定，本案須由開發許可單位國科會考量是否撤銷其已發之許可及下令停工，並非環保署的權責範圍。另從「依法行政」角度分析，最高行政法院及高等行政法院(以下稱法院)的判決，其實是有無效用、無意義及破壞現行環評體制判決的疑慮。茲申述如下：
(1)無效用：法院判決，撤銷環保署環境影響評估委員會(以下稱環評會)作成的結論「如健康影響評估結果對居民健康有長期不利影響，開發單位應承諾無條件撤銷本開發案」。其理由是認為，環評會應要求開發單位將健康影響評估完成的結果納入環評報告書，其對居民健康無長期不利影響時，方可通過環評審查；環評會不應替廠商爭取時間，先通過環評審查，於審查結論中要求開發單位動工後才進行健康影響評估，並於發現對居民健康有長期不利影響時，再要求撤銷本開發案。其實環評會與法院二者要求的最終結果會相同，只是進行的順序是不同。環評會的處理方式對業者而言，有較高的投資損失風險，但也有較早的獲利機會，原是業者願意承擔的。因此，法院的判決有並無實際效用的疑慮，反而在同是要求保障國民健康的前提下，強制業者選擇其不願承擔的方式。
(2)無意義：法院的判決撤銷環評會所做結論後，本案開發許可即失去其原核准之基礎，成為違法許可。因此，許可核准單位國科會，在許可受益人並無行政程序法第119條所列信賴不值得保護的情形下，須依據行政程序法第117條的規定，考量信賴授予利益的許可，其信賴利益是否顯然小於撤銷此許可所欲維護的公益，於兩年內決定是否撤銷許可及下令停工。由於撤銷此許可所欲維護的公益，即為排除前述居民健康的長期不利影響，因此，國科會須等待環評會完成開發單位提出健康影響評估報告書審查，確認其對居民健康的長期影響後，才能與信賴利益比較，以決定是否撤銷許可及下令停工。因此本案執行法院判決，所需做的具體動作，其實與執行原環評會的結論是完全相同。此事實突顯法院的判決，有並無意義的疑慮。
(3)破壞現行環評體制：環境影響評估範圍廣泛，涉及的專長領域極多。環評委員中，一種專長只有一位委員，仍無法涵蓋所有專長，為正常現象。在充分討論後，未能獲致共識，無法以共識決時，環評審查通過與否，係以投票表決方式決定。高等行政法院認為委員中唯一的健康影響評估專家為周晉澄委員，應以其進入第二階段環境影響評估的主張為準據。但法院以其一人意見，作為判定應否進行第二階段環境影響評估之依據，並不符環境影響評估法目前實施的多數決規定。當時環評會審查過程，對於中科三期案是否進入二階或有條件通過環評時，已就健康風險議題討論，環評會係就該二選項表決，以11比8作成有條件通過之結論。因此，事後法院以具有該領域專業的1位環評委員的主張，推翻環評委員會多數決的審查結論，其意涵為環評會必須以共識決來決定，未來如任一委員有非理性之堅持，即無法做成決定，此何以本案的法院判決有破壞現有環評體制決定機制的疑慮。
環境影響評估法第8條「對環境有重大影響之虞」，屬高度不確定法律概念，需藉環評委員之專業對高度科技專業性事實認定，並藉討論獲得共識或表決予以具體化。此即須經由科技專門知識，或採取評價之態度，始能加以確定之法律概念，法院應尊重獨立委員會專業審查及判斷之裁量判斷餘地。
最高行政法院撤銷中科三期七星農場環評審查結論後，目前審查結論已失效，其他機關因環評通過而後續核發之許可也面臨應否撤銷的問題，惟原開發許可處分屬違法之處分，並非自始確定無效之處分，從而此時並不構成環境影響評估法第14條第1項所稱「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」之情形，自亦無該法第22條所定開發單位違反第14條之處罰問題。本案中科三期原已完成環評審查程序，故未適用上開2條條文規範。雖不適用環境影響評估法，但行政程序法已有目的事業主管須於兩年內決定撤銷或不撤銷原許可之相關規定，故應由目的事業主管機關依其職權裁量，並考量公益（國家整體經濟發展、國民健康影響）及信賴保護原則（廠商合法申請權益），依行政程序法規定辦理。
本案為環評審查結論遭最高行政法院撤銷之首例案件，環保署雖是為前任政府善後，將衡度相關法令，據以審慎辦理。對於最高行政法院之判決，環保署將依判決意旨，請行政院國家科學委員會中部科學工業園區管理局補齊資料，於原環境影響說明書內加入環境品質及現況、健康風險評估及其他說明資料，再提環評會，重新審議。