澄清陳吉仲教授投書蘋果日報指責環保署以不實訊息誤導民眾，他為此深感痛心。但其投書中充滿不實，才是真正問題所在。茲詳述如下：
一、 環保署是在會議中，採納所有與會健康風險評估學者專家一致的意見，贊成莊秉潔教授第一個版本引用美國Pope教授在美國流行病學研究獲得PM2.5劑量效應係數得到每人壽命會減少23天的計算方法，也就是陳教授據以計算健康風險外部成本的方法。但與會專家均不認同莊教授自創的第三個版本，得到比Pope劑量效應高到40到50倍的錯誤方法。莊教授投書說環保署批評莊教授第一版方法是錯誤的，其實是他自己搞錯了。
二、 環保署判斷陳教授健康風險成本是高估的，就因為陳教授授自己也贊同莊教授第ㄧ個版本方法算出來因空氣污染而早死的人，平均每人會減少23天壽命，為甚麼不用這23天換算出來的金錢價值作為建康風險成本，反而用每人平均壽命79年的人命代價來換算，不就是明顯的高估嗎？
三、 環保署長主持的方法討論會，已達成共識結論，可同時採取陳教授主張的社會成本效益計算方法，及國光用GDP評估總體經濟影響的方法。所以後續討論都聚焦在成本效益方法，每一個成本項目及效益項目計算的正確性上。大部分項目也都有修正方向的共識，環保署對於陳教授投書中提到的溫室氣體、地層下陷及海水淡化成本的計算方法並無異議，也沒有陳教授投書中所說不贊成及不尊重的事。前次會議結束前約好各自回去重新計算後再回來討論。
四、 在開會前，環保署發出新聞稿說明，如果國光真的承諾全部使用海水淡化供水，不用調度自來水及農業用水，自然不會有超抽地下水造成地層下陷的機會，也就沒有陳教授估計包括高鐵停駛損失的近兩千億地層下陷成本。這說法並不是陳教授所指責不認同他的方法，也與李鴻源政委及監察院的論述沒有任何牴觸的地方。
五、 環保署發出的新聞稿另外說明，如果使用陳教授的成本效益計算方法，及陳教授自己算出來國光案的社會效益及成本，減除前述偏高估計及國光採取海水淡化供水減少的地層下陷成本後，是有機會讓效益大於成本的。陳教授以此指責環保署完全不懂成本效益，是沒有道理的。
國光案如果被環評委員認定不應開發，是有他根據的道理，但絕不可以是根據陳吉仲教授投書中對環保署不實指控，不清不楚的論述。