媒體11月4日刊載朱增宏君「霄裡溪的水 環保署的嘴」及杜文苓君「還原真相」等2文，環保署感謝各方人士依據事實的指正，環保署基於職責，認為澄清事實以減輕國人疑慮，是非常重要，因此再說明如下：
環保署環評委員會過去幾次審查友達及華映放流水改排案，審查結論或討論均以友達及華映目前在霄裡溪的排放地點是否符合原環評結論的要求為訴求，並非表示其放流水已有證據證明造成該地區作物或生物危害的事實，要求改排是為符合原環評結論所要求採取的預防性做法；載水供應居民飲用是為了消除居民的疑慮與不信任，確保任何可能的風險均降至更低，目前已確定可以不必繼續載飲用水供應，正與居民溝通中。杜文苓君以環評過程的發言及送水讓民眾安心，來當作光電廠造成了生態浩劫的證據，實在是離題太遠。
環保署認為相關言論均應有事實證據為其立論基礎，杜文苓君僅引述某人發言或報紙電視報導的他人說法作為論述的證據，確易流於人云亦云而誤導民眾，以其投書引述「優質米田認證區，經報導致取消相關認證，造成農田損失」而言，經環保署本日洽新埔鎮農會確認，霄裡溪沿岸之水稻良質米產銷班於去年取得「農產品產銷履歷認證」，至今仍有效。
朱增宏君投書中引述新竹農田水利會今年8月的採樣檢測，主要係導電度高於灌溉水質標準，係與農地土壤鹽化有關的問題，尚非其他有害物質不符標準的問題。朱君與海大博士生調查華映與友達放流口下游附近，發現部分河段當地原生物避離不見現象，卻是在環境工程上考量可接受的環境影響時，認為放流水與溪流水匯流混合完全以前，必然發生的局部效應，但是必須限縮其範圍於局部。朱君所述海大的調查結果與環保署同仁陪同監委視察時所見，均顯示此二廠放流水影響之侷限性。
環保署於97年2次針對霄裡溪沿岸土壤及地下水污染調查，結果顯示檢測濃度均低於土壤及地下水污染管制標準，且仍未發現鹽化現象。清華大學凌永健教授去年及今年於當地採取引用霄裡溪水灌溉的稻米樣本分析，尚未發現有工廠放流水經由溪水污染稻米的現象。8月至9月間針對霄裡溪流域沿岸民眾172口飲用水井水質進行採樣檢驗，並利用氣相層析質譜儀法掃瞄所有揮發性有機物項目，其中包括60項水中常見有機物質，均未達可檢出量。另分析掃瞄所有金屬項目，只檢測出17項重金屬項目（砷、鋇、鎘、鉻、銅、鐵、鉛、錳、汞、鎳、硒、銀、銻、鋅、鉬、銦、鎵）；在檢測出之17項重金屬項目中，有14項屬飲用水水質標準管制項目（砷、鋇、鎘、鉻、銅、鐵、鉛、錳、汞、鎳、硒、銀、銻、鋅），除少數水井鐵、錳超過水質標準外，其他項目均符合標準，而鐵、錳為地質中含有之礦物，並不影響健康。此外，部分水井中測出含有極微量之鉬及銦，採水點最高濃度分別是10億分之27及10億分之0.692，均遠低於本署預定公告之標準值10億分之70，相關檢驗調查結果顯示172口飲用水井水質，未受霄裡溪溪水影響或已在安全範圍內。
中科四期環評審查案，環評委員會除依開發行為可能產生環境風險之評估與管理上進行專業的審查，更秉持前事不忘，後事之師，參採相關環評案例經驗，加嚴放流水管制限值並將鎵、錫、銅等納入放流水管制限值，對於外界或環團所擔心的問題，也要求環境監測及監督小組運作來及時反應，予以防阻其發生。此外，環保署對於高科技產業廢水已研訂水污染管制策略，以強化管理，相關管制策略內容摘述如下：
（一）建立事業別化學製程原料用藥清單，要求事業於水污染防治措施許可中填具指定之化學品種類與使用量等完整資訊。
（二）要求業者於水污染防治措施許可中說明特定物質使用後之流布情況(包含廢水、廢氣、廢棄物和回收再利用等)，以利與末端水質監測數據進行比對，確認污染源頭。
（三）建立末端廢水水質監測機制，指定業者增加放流水生物急毒性檢測，及依據產業製程原料用藥特性增加指定特定污染物檢測。後續並研議將生物急毒性測試、特定污染物和總量指標(TTO)等，納入放流水標準。
（四）將事業污染資訊公開透明化，適度揭露業者放流水情況及製程化學用藥等資訊，以保障民眾知的權利。
針對投書指出上游事業廢水排放已影響下游農業活動乙節，因我國大都灌排不分、土地分區使用管理不易，而有工廠直接排放廢(污)水於道路側溝後間接排入致引灌不佳水源的問題，導致灌溉水質受影響。本署就事業直接排放廢（污）水至灌溉渠道之管理上，未來除以放流水水質標準查驗外，將同時比對放流水標準有管制項目之灌溉用水水質標準限值，並於查獲水質超過灌溉用水水質標準時，通知縣市政府水利主管機關依水利法查處，以協助其維護灌溉水品質。