臺北高等行政法院於3月1日作成100年度停字第9號裁定，針對環保署對於中科三期七星基地開發計畫於99年9月2日公告之環評審查結論及國科會根據該審查結論於同年月6日所核發之開發許可，於相關行政訴訟判決確定前，停止執行，但是對友達公司及旭能公司之建築執照、使用執照、雜項執照及其他各項開發許可停止執行之聲請，法院也裁定駁回，因此依裁定兩家公司無須停工。環保署表示，將尊重法院所為之裁定結果，後續依法提起抗告以及聲請本項裁定停止執行。
經環保署環評委員會審查中科三期七星農場開發案健康風險評估結果，七星農場與后里農場加總之當地終身增量總致癌風險值為2.74×10-7。中科三期放流水長期排放至大安溪下游之健康風險估結果顯示，成人總終身致癌風險為1.16×10-7，小孩則為5.13×10-8，均小於美國所公認的可忽略的風險，即致癌風險率小於百萬分之ㄧ(10-6)，並無對人體健康有重大影響之虞情事，環評委員會因此於第一階段環評審查時，即作成通過環境影響評估之結論。惟本項裁定誤以開發單位未提出健康風險評估等情之事實下，認定本案應重新作成進入第二階段環評之審查結論，實屬對事實認知不足所致。
另媒體報導表示第二階段環評居民才有表達意見機會或本案將居民趕到環評的評估流程之外等內容係錯誤報導，環保署說明本案透過環評資訊公開及民眾參與機制，已納入關心民眾、環團提出的意見，包括歷次專案小組會議均有多位當地民眾、團體申請旁聽及表達意見，環保署並針對關心的「健康風險評估」議題召開專家會議，由爭議四方（包括提出訴訟的六位農民及環保團體、當地縣政府及鄉鎮公所、國民健康局、開發單位）推薦共8位健康風險評估專家組成，進行專業討論，並提供環評審查參考，故本案環評審查並未漠視居民的聲音。
依據環評法第八條之規定，環評審查結論認為對於環境有重大影響之虞，應繼續進行第二階段環境影響評估程序，係屬行政機關行政裁量權限。原裁定於其理由欄中援引該院96年度訴字第1117號及最高行政法院99年判字第30號判決，惟該判決係認開發單位未提出健康風險評估，遂認環評委員會是出於資訊不完全所作成的決定，有判斷瑕疵，最高行政法院認定原審法院作成之判決於法並無不合，因此維持原高等行政法院判決撤銷環評審查結論，但99年9月2日環評委員會重新作成審查結論前已充分評估健康風險的影響，已無當時質疑不完全資訊下所作成的決定等情事，惟法院本項裁定對此未作衡量，亦是對事實認知不足所致。
根據最高行政法院歷來之裁判先例，向認此類案件並不符停止執行之要件，裁定顯有未盡周全之處。蓋相關環評審查之爭議，有待本案訴訟之實體審理，如未經實體審理遽為認定，即屬率斷（最高行政法院99年裁字第2034號裁定）；另於先前中科三期停止執行案中，最高行政法院98年裁聲字第146號裁定更已明確宣示在環評有條件通過審查下，不能逕稱開工將會嚴重造成全體國民健康及安全之重大不利影響，至於是否進入二階審查，仍應視環評委員會審查認定相關減緩措施已否明確降低並減輕環境影響而定。本案法院顯有踰越合法性審判範圍，而進入環評委員會依法授權集合專業性的合目的性審查作成結論的範圍，環保署將依此提出抗告。