環境資訊中心網站於99年11月22日刊登「蘇花改憑什麼通過？」一文，無視環保署之前一再的澄清及說明，仍舊質疑蘇花改案通過環評之正當性及嚴謹性，環保署表示遺憾，並再次澄清說明，以免作者的錯誤認知誤導讀者。
作者第一件誤導民眾的，是宣稱蘇花改與蘇花高一樣，是政府所提出的「唯一解」。在蘇花改環評審查會中，交通部已一再提出說明，蘇花改只是東部地區運輸改善眾多計畫之一環，交通部已針對台鐵部分積極進行鐵路運能的提升與整合，其中包含臺鐵整體購置及汰換計畫(東線購置城際及區間客車計畫)、北埔站至花蓮港站間電氣化及號誌站工程、臺鐵支線及貨車車輛擴增、花東線鐵路整體服務效能提昇計畫，及增加花蓮港鐵路支線運能，另更新花東站站體結構及站場設施，強化觀光旅遊之鐵路運輸功能。另對於目前蘇花公路沿線大貨車(含半聯結車)之行駛導致一般用路人之威脅，交通部已積極尋求改善之道，在深入探討下，如何降低蘇花公路大貨車(含半聯結車)之數量，已有積極作為，如源頭管理、分散車流與積極取締等相關工作。對於源頭管理，交通部已洽請經濟部檢討東部砂石政策，並在行政院經建會的主導下，逐步進行。另利用鐵路貨運運能之提昇及結合花蓮港，使礦砂石之運輸利用鐵港聯運方式，以降低業者運輸成本的前提下，讓公路貨運量能有效轉移降低，惟公路貨運之轉移仍有其一定的限制，經模擬分析後，從目前礦砂石車數量大約650輛至730輛，將降低至大約200輛至400輛，車輛移轉比例大約30%至73%。在東部鐵路運能提升後，仍無法完全取代蘇花公路之功能，因此，蘇花改也是在蘇花路廊下各種運具的提升前提下，研擬出最適方案。又台北花蓮間公路運輸時間仍多於鐵路，未來東部運輸仍以鐵路為主，公路為輔，故以「鐵路為主，公路為輔」之政策，不會改變。
環評委員會於審查蘇花改案時，也認為應考量所有方案來確保花東交通，惟因交通政策係交通部權責，故委員會作出「請交通部儘速提升東部鐵路系統服務功能，並加強砂石車及其他大型車輛之管理，以解決當前東部交通問題」之附帶建議。蘇花改不是花東交通的「唯一解」，但卻是「不得不解」。誠如作者所言，負責任的政府必須推動所有可行的方案，不可能僅因提升了鐵路運能，就認為不須要公路，或不去確保公路的安全。環保團體以沒有其他配套措施來反對蘇花改案，不僅無視政府的相關努力，也是不負責任的行為。
至於作者質疑地質安全問題，開發單位於環評委員會審查時，已說明地質狀況對於隧道工程而言，有如海象狀況對於海港工程一樣，屬於必先瞭解的重要資訊，開發單位已掌握地質調查相關文獻與研究報告（中央地調所、工研院能資所、中研院地科所）等地質圖幅、學術研究論文，及相關研討會報告等外，還有鐵、公路38座相關隧道規劃設計與施工紀錄相關資料，以及40餘冊國道東部公路蘇澳花蓮段規劃設計評估相關報告。本開發案除辦理地表地質調查、地物探測1,715公尺及鑽探27孔位外，並已收集相關文獻與研究及蘇花路廊838孔地質鑽探資料；委員會時，具地質專長之環評委員亦表示本開發案路線鄰近北迴鐵路及新北迴鐵路，相關鐵路隧道開挖所得的地質資料，遠較地質鑽探之點狀資料更加完整，其資料已足供委員會作成決議，請各界尊重環評之專業審查及判斷
另外某報11月15日刊登「談環評的制度機能與運作條件」，文中提及蘇花公路改善計畫環評「這樣的案子卻在蘇花公路因為豪雨成災，造成慘重生命損失後，迅速地通過了」、「為何先前的開發是有爭議的，以致環評遷延數年不決，而今卻立刻可以放行？」等語，部分與實情不符，為免誤導民眾，本署所作澄清說明亦在此提供讀者參考。
環保團體一再將蘇花高與蘇花改二案混為一談，二案根本無法相提並論。蘇花高之重大爭議點主要在於環保團體擔心高速公路將引進大量人潮進入花蓮，花蓮的優良環境恐被破壞，對社會經濟影響弊多於利，且不利花蓮之永續發展，故當年專案小組審查時，因本爭點無法解決，才遲遲無法通過環評差異分析。但蘇花改一案並非新闢一條高速公路，僅就必要路段進行改善，以提供花東民眾安全回家的路，交通流量未變，不會引進大量人潮，並無如蘇花高般社經影響之爭議，故其環評方可順利通過。
環保署並澄清在此次梅姬墜車事件前，蘇花高或蘇花改二案皆無地質影響施工及道路安全問題之質疑。在蘇花高環評審查過程中，從未認定開發案有地質安全之疑慮。蘇花改一案，開發單位已說明蒐集蘇花路廊838孔地質鑽探資料，會中環評委員認為相關北迴鐵路隧道開挖所得的地質資料，遠較地質鑽探之點狀資料更加完整，已足供委員會作成決議。故環保團體不理會開發單位或環保署已一再說明本案有完整之地質資料供決策參考，卻一直對外界指稱蘇花改案無視地質安全問題草率迅速通過，實是借題發揮，誤導社會大眾。
而且蘇花公路改善計畫在環評送審前，交通部即以全光譜之改善方案思考本案路線之規劃，並辦理相關諮詢、座談，經參考各界意見後規劃接受度最高之最佳方案。環保署並協助召開兩次諮詢會議及一次預審會議，因此交通部公路總局已掌握民間團體及相關機關的意見，並充分對外界說明，故在99年10月18日第1次初審會時並無重大爭議議題。其後因梅姬颱風造成蘇花公路多處坍方、落石，有多輛遊覽車墜崖或被土石掩埋，奪走多條人命，也讓國人及外國觀光客對蘇花公路的安全產生疑慮及恐懼，環保署基於人道考量、回應民意，加速環評相關行政作業，但蘇花改案環評作業一切仍依法令規定公平、審慎、嚴謹審查，作者僅因風災就影射其後通過的環評即為草率迅速，忽視交通部公路總局及環保署在此之前所作的審查、溝通及努力，顯失公允。
另作者文中指稱先前的開發遭環評遷延數年不決云云，係前述誤解，作者將蘇花高與蘇花改混為一談。蘇花高案經環保署審查有條件通過，於89年6月15日同意備查。民國92年11月交通部國工局依據細部設計結果，擬調整部分路線、交流道位置及工程內容，提出環境影響差異分析報告送環保署審查。另蘇花高速公路自取得目的事業主管機關許可後，逾三年未動工，依據環評法第16條之1規定，應提出環境現況差異分析及對策檢討報告送主管機關審查，交通部國工局爰併案提出「環境現況差異分析及對策檢討報告暨申請變更之環境影響差異分析報告」送審。經召開多次專案小組審查會，97年4月25日經環保署環評委員會決議：「本案與行政院原核定之蘇花高興建計畫內容變動甚大，涉政策之重大變動，是否符合『東部永續發展綱要計畫』及『臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書』尚待釐清，且歷次相關環評審查意見亦未具體補充、修正，本案退回開發單位。」因此該案退回係因須釐清是否符合「東部永續發展綱要計畫」及政策環評，而非地質等環境因素之爭議。
蘇花改案於路線規劃時即已考量環境友善因素，過程中亦不斷與居民、意見領袖及團體溝通，環評作業從書件製作、民眾參與及環評委員會之審查，完全依照環評法相關規定，審慎且嚴謹進行。專案小組或環評委員會對於通過本開發案環評審查並無異議，且認定無須進行第二階段環評，可予以附條件通過。環保署完全依法進行相關程序辦理，並作出嚴格要求。