103年4月15日自由時報A6版「環評鬆綁 將出現一堆日月光們」，台灣水資源保育聯盟等批評「自由經濟示範區根本是『環評大鬆綁』，只要提送備查就不需再環評審查，根本是廢掉環評制度」，評述內容以偏概全、易生誤解，環保署特澄清說明「自由經濟示範區特別條例」（草案）涉及環評相關規定，以免外界誤解、以訛傳訛。
台灣水資源保育聯盟等所指爭議點為「自由經濟示範區特別條例」（草案）第17條：「依第13條規定設置之示範區，如其變更內容未增加面積或未超出原核定污染總量，且變更內容符合下列要件之一，得由申設機關檢附變更說明之相關資料送原環境影響評估審查主管機關備查，不適用環境影響評估法第16條第1項不得變更原申請內容之規定：一、區內坵塊整併或分割。二、區內配置調整或建物樓地板面積變更。三、引進產業類別變更。」
環保署說明，該條文之擬訂係參考現行「產業創新條例」第40條之規範架構（條文內容對照如附），將其適用於既有工業區、科學工業園區及生技園區如申請為示範區，而欲變更區內坵塊整併或分割、配置調整或建物樓地板面積及引進產業類別等情形；但環保署為把關該園區可能對環境產生影響，於本草案加訂該園區必須在「面積未增加」、「污染總量未增加」的條件下，且經示範區主管機關審核同意後，才能送原環評審查主管機關備查，藉以管控污染不會增加，避免因轉型而加重環境影響。至於新設示範區，仍應依環評法規定實施環評。
環保署強調，依示範區條例草案規定，新設示範區並無迴避辦理環評之可能，如開發規模達應實施環評規定者，仍應依法實施環評，至於既設園區轉型示範區者，在污染總量不變、面積不變情形下，僅有面積區塊整併、樓地板面積變更及產業類別變更等情形，才可以向主管機關申請備查，其規範架構仍係以環境保護為優先。