針對中國時報99年8月13日刊載「黑箱作業 讓中科從多贏變多輸」乙文所述「重開發輕環保 政府失去威信」之內文，因部分報導有誤，為免誤導民眾，請 貴報更正。
中科四期(二林園區)開發計畫環境影響評估前經環保署於98年11月10日公告「有條件通過」之審查結論，決議附帶19項條件要求中科管理局切實執行，這樣的環評要求是參予審查的環評委員「有共識一致通過」、「認為環境可以接受」的審查結論，絕非媒體報載「讓有『重大缺失』的中科四期環評過關」、「環保署未盡監督把關責任」的情形，環保署特予澄清。
中科四期開發案近來外界最為擔心、關切的相思寮、萬合農場、農場巷等農地徵收問題，環保署已一再對外說明，環評審查所考慮的是開發對「自然環境」的影響，「土地利益」並非環評要去考慮的問題，土地徵收有其一定規範之法定行政程序，徵收是否符合公義是徵收機關要去考量的事項，環評審查是就開發單位所送審之環境影響評估資料，進行環境「風險大小評估」的審查確認，並給予「風險管理」的具體要求，以預防或減輕開發行為對環境造成的不良影響。
針對媒體聽信環保團體的訴求，仍然提出「中科四期廢水排放重大爭議依舊未解」的誤解，環保署擔心產生以訛傳訛、誤導民眾的影響，環保署強調，中科四期廢水排放可能的影響對象與環評審查的相對要求，環評審查均已納入全面、完整的考量，簡單來說，環評審查的要求，是先進行嚴格的廢水源頭管制（如要求歐盟化學品REACH管制）跟持續監測，再確保放流水無論排放至濁水溪自強大橋下或舊濁水溪三和制水閘下，環評審查以現有科學證據及學理推估，均可以達成保護人體健康、不影響農業灌溉及沿海養殖等3項目的，最後，考量外界所提極端情況下放流水對舊濁水溪河口蚵田養殖、導電度對濁水溪沿岸農作灌溉等影響的擔心疑慮，由蘇治芬縣長帶領前往行政院面見院長，經院長同意在專業考量以外，以政策考量要求中科放流水以專管再延伸至河口潮間帶低潮線外排放，故環評委員進一步要求中科管理局將院長承諾列入結論，在放流水量達6萬CMD或河口牡蠣體內銅檢測濃度值超過100mg/kg濕重時，應以專管延伸至河口潮間帶低潮線以下排放，以完全避開前述爭議與風險。爰此，環保署強調環評審查結論是「兼顧環保專業與民眾疑慮」的結果，絕非「爭議依舊未解」的情形，外界的錯誤解讀是不了解環評審查之歷程及結果、不尊重環評委員之專業及考量的說法。
此外環保署強調中科四期環評審查過程絕無報載所述「黑箱作業」的情形，並致力於強化「民眾參與」跟「資訊公開」的目的，具體作法如下：
一、召開專家會議
中科四期審查過程最受爭議議題為「放流水之影響與因應」，故環評審查過程特針對該議題，由環保團體、開發單位、地方政府及漁業署等4方推薦專家，經多次討論，獲致共識並納為審查結論訂定依據。
二、開放民眾旁聽
環保署98年訂定公布旁聽要點，確保關心民眾團體發言之權力。中科四期審查過程開放民眾團體發言超過160人次，以每次發言3分鐘保守估計，發言超過8小時，囊括各項環境議題，均予切實紀錄，並彙整要求中科管理局及相關部會回應妥處，且公開於網站，最後提至環評委員會予委員審查參考。
三、環評審查資訊充分公開
環保署建置「環評書件查詢系統」，充分對外公開中科四期環評審查過程所有送審書件、會議訊息及審查結果等相關資訊。
四、召開8次公開說明會
中科管理局依環境影響評估法規定及環評審查過程的要求，針對彰化、雲林地區引發環境影響擔心、疑慮的對象，共召開達8次說明會，俾完備開發單位與民眾團體間的溝通作業。
至於臺北高等行政法院99年7月30日針對中科四期停止執行之裁定，臺北高等行政法院係採中科三期案判決結果及所附條件，作為中科四期案是否有「對環境不良影響之虞」的推論判斷，環保署認為，該推論無論在基準上或對比條件上均有諸多不正確、不合理之處，環保署已依行政訴訟法提起抗告，期待最高行政法院能給予一公允之判決，使環評案件審查回歸環境影響評估法程序，尊重環境影響評估審查委員會的專業判斷餘地。