莊秉潔先生並不是做流行病學及健康風險評估方面研究的教授，對流行病學及健康風險評估學門的基本詞彙，用其自創方式解讀，會場中與會流行病學及健康風險評估專家都表示無法理解其方法所作假設與推理邏輯。莊秉潔先生卻針對國光案及六輕案，用其自學及首度自創不符合基礎理論亦未經實證之方法，進行流行病學上劑量效應係數的迴歸分析，與會之健康風險評估專家均表示無法認同。在未經同儕審查確認正確性的發表程序，莊秉潔先生就使用其在學術推理上仍極有爭議的方法進行推估，並將推估結果以學術論文方式呈現，公諸媒體及社會大眾，係不符合流行病學在方法論及研究結果中對現有知識的贊同性及自我批判的嚴謹態度。
專攻流行病學及健康風險評估，共同具名其研究報告的中央研究院院士，及曾頒給該研究報告優良論文獎，且擔任台灣風險分析協會理事長及秘書長的二位台大公共衛生教授，卻在三次環保署邀請出席的會議中沒有一次出席參與討論，不再為莊秉潔先生該篇研究報告背書。
莊先生在會中一再引述他與院士私下討論時院士的說法來進行討論，引起與會的學者專家困擾，請他不要一再用轉述院士說法的方式來陳述意見，拜託他請出具有學術泰斗地位的院士級共同作者親自到場來指導大家。否則很難理解一個院士怎會對流行病學界ABC級程度的詞彙，卻用連同儕都不解的方式解讀，是否莊秉潔先生誤解了院士的說法。與會的健康風險與流行病學的教授花了非常多的時間，來向莊秉潔先生解釋或爭論這些流行病學界ABC級程度詞彙的定義，且無一與會的同儕專家學者表示可以認同其自創的第三種劑量效應係數的迴歸分析方法。但莊秉潔先生仍不放棄其對自創方法的堅持。該會議是依據健康風險與流行病學方面學者家所獲的共識做結論，會議主席表示無法採納非此方面專業研究的莊秉潔先生的第三種方法，除非前述流行病學專業的院士級共同作者及台灣風險分析協會頒給該研究報告優良論文獎的另二位台灣台大公衛教授出面與三次會議中與會的流行病學與健康風險專家學者討論，得到可以共同支持莊秉潔先生方法的結論。
由於莊秉潔先生的第三種方法的瑕疵，產生極度放大癌症發生率及死亡率的不正確結果是顯而易見的，三位出面為此辯護的機會，雖然不是絕對沒有，應是微乎其微。綜上，環保署的新聞稿並沒有誤導當天討論結果的企圖。
莊秉潔先生方法的瑕疵，在於其方法所做的假設忽略了許多相互影響的因素：
- 雖然台灣地區各鄉鎮市區環境空氣中影響人體健康的主要汙染因子細懸浮微粒(PM2.5)的年平均濃度，在每立方公尺20至60微克之間，是美國各城市10到20之間的2到3倍，但是，我國衛生署國民健康局最新發布的民國96年統計資料顯示，台灣地區年齡標準化的癌症發生率，每年每10萬人為270人，只有美國疾病管制局同期資料顯示每10萬人為543人的一半，較美國低很多；
- 民國96年年齡標準化的癌症死亡率每年每10萬人約為130人，較美國同期癌症死亡率每年每10萬人約為180人少28%；
- 民國84至98年間國人零歲平均餘命增加4.4歲，平均每年增加0.34歲，美國人自1995年至2007年零歲平均餘命增加2.1歲，平均每年增加0.26歲，我國年增率多出0.08歲；
- 這段期間我國環境空氣中懸浮微粒不論是環保署全台監測站實際量測到的PM10或PM2.5濃度或用PM10回歸分析推算的PM2.5濃度，大都呈現下降的趨勢。
- 即使在六輕已經營運十年後，雲林縣的癌症死亡率、零歲平均餘命的增加(過去13年平均每年增加85天零歲平均餘命)及懸浮微粒的下降都呈現與全國類似的趨勢。
以我國PM
2.5濃度高出美國2至3倍、癌症發生率卻只有美國一半與癌症死亡率較美國為低28%等三項因素綜合考量，在估計我國PM
2.5對國人健康影響時，引用美國學者Pope以極嚴謹流行病學方法研究美國長達二十年PM
2.5對健康影響結果，得到以PM
2.5濃度代表環境中所有污染物所呈現的劑量效應係數，來計算六輕或國光的營運影響時，已經極可能是偏高的保守估計，與會學者專家亦指出這是需要提醒環評委員在其方法應用上之限制。更何況在分析時需要將抽菸、喝酒、吃檳榔、不運動肥胖、B型肝炎等致癌主要因素，教育程度、家庭收入、地區醫療資源及健保等增加癌症通報率及減少癌症死亡率的正反面因素，還有環境中實際測得PM
2.5濃度是降低的而六輕產生的PM2.5與其他排放源產生的PM
2.5混合後已無法切割其影響等相互影響因素加以排除或一併納入迴歸分析模式中加以校正。
莊秉潔先生的迴歸分析方法顯然缺乏上述考量，卻將前後相差十年的全國癌症發生率或癌症死亡率增加量，全部看成是此段期間六輕營運後只有在後面七年排放的污染物造成，且以其仍有爭議的擴散模式模擬計算得到全國各地環境空氣中PM2.5濃度的增量貢獻，而非實際量測得到的空氣中PM2.5濃度增量，來做迴歸分析。其模式粗糙失真的假設產生的誤差放大效果，使得到的劑量效應係數是美國Pope的40到50倍，及推論國光造成每年4,260人提早死亡的極為高估結果，與會流行病學及健康風險評估學者專家並不認為有提交環評委員參考的價值。
莊秉潔先生將非其學術專攻領域，仍未經同儕學術確認的研究方法得到與國際研究極為偏差的研究結果，在開發計畫的環評過程中以專家學者身分列席發言陳述極為高估的結果。以學者身分爭取非該專長環評委員或社會大眾信任的優勢，獲得媒體顯著報導，造成社會大眾極為放大的開發計畫負面印象。環評會中大家努力要求開發單位減少污染等負面因素，卻少有論述開發計畫透過產業關聯、就業機會及稅收增加等，會帶來教育程度、家庭收入、地區醫療資源及健保等增加癌症通報率及減少癌症死亡率等並非「要錢不要命」的正面因素，及正負因素抵消後的實際結果是增加還是減少壽命。這些因素被環評委員及社會大眾忽略，而失去對開發計畫健康影響的整體平衡考量。
因此在環評過程，科學事實或推論的正面及負面因素均應被平衡提出，對有科學上不確定性的事實，例如國光案採取保育措施後是否仍會阻斷白海豚的迴游廊道而造成其滅絕，或因國光占用而消失的海岸溼地，未來是否會因開發案加速了海岸淤沙而增加新生海岸濕地達成了補償效果等科學方法上難以量化推估的不確定因素，則留給環評委員及社會大眾做價值上的判斷，而非任由正反任一方不當地將錯誤方法的結果或不確定性部分當作確定，以任意放大突顯方式公開陳述，環保署如不予澄清，就會誤導環評委員及社會大眾做成的判斷。