商業周刊第1179期「台灣天空浩劫」報導引述中興大學陳吉仲教授與國光石化公司委託台灣大學農業經濟系徐世勳教授所評估之社會經濟成本效益差距甚大。環保署為釐清國光石化產生社會經濟之「成本如何評估？」、「效益如何分析？」，所涉方法論的分歧，特別於100年4月6日及14日邀集提出不同方法論的徐世勳教授與陳吉仲教授，以及國內社會經濟有關專家學者，由署長主持，進行客觀、公開之討論。
對於所用方法有差異的部分，已獲得調整的共識如下：
一、社會成本計算方法
1.死亡之生命損失部分：因增加空氣污染物造成每年死亡人數的增加，陳吉仲教授(以下簡稱陳版)係以每人6,000萬元新台幣計算損失，徐世勳教授(以下簡稱徐版)以每人每年200萬元新台幣(或終生79年1.59億元)及死亡者潛在損失年數計算損失。結果陳版計算得到339億元，徐版得到2.35億元，二者差異巨大。討論得到共識是，死亡者潛在損失年數，應以當日下午另一組討論健康風險評估學者專家所獲專業共識來計算。當日下午會議共識是：有關開發案社會經濟成本之估算，應回歸到美國Pope等以美國五十餘城市百餘萬人二十年時間的世代追蹤研究，獲得空氣中PM2.5年平均濃度每增加10μg/m3，平均餘命減少0.61年的結果來估算健康成本，而非使用平均餘命79年來估算。因此，目前徐版計算結果比較接近實際。
2.致病住院損失部分：因增加空氣污染物造成的住院病例增加，陳版計算以住院天數乘以每天損失工作產值計算，估計損失達398億元；徐版以住院天數乘以每天損失的薪資所得計算，得到7.7億元的損失。主要問題在陳版將住院受雇員工的工作必然會有人代理，其老闆並不因此損失產值的因素忽略，而造成偏高的結果；而徐版將部分自行執業者住院的損失僅以薪資代表，也會有偏低估計的因素。共識是需要共同找出此偏高及偏低因素各占的比例，據以調整結果。
3.地層下陷社會本部份：徐版估計國光不抽地下水，不會造成地層下陷，所以估計損失為零；陳版認為國光是壓倒駱駝的最後一根稻草，未來地層下陷五公分部份及高鐵停駛是因為國光建廠造成。因此估計下陷的社會成本297億元至1,201億元之間及高鐵停駛需轉搭其他交通工具損失工時每人每日兩小時之產值783億元，均計入國光造成之社會成本。國光使用規劃中大肚攔河堰的水，並無地層下陷風險；但堰未建好前的過渡期，有兩年需使用自來水系統用水及調度農業用水約每日2.6萬噸時，確有分攤此地區所有用水造成地層下陷的部份責任。如果環評委員要求國光大肚攔河堰未能興建時，必須以海水淡化供水，則可避免陳版所計算的地層下陷社會成本。此部分的共識是，過渡期調度的用水即使比例低，仍須確認占主要引起地層下陷用水量的比例來計算分攤損失金額的比例。
二，社會效益部份
陳版以國光帶來的社會福利計算。社會福利的定義相當於國光出售所有產品時帶來消費者剩餘加上生產者剩餘的總和。陳版初估縮小規模的國光帶來社會福利為1,022至1,159億元；徐版以生產帶給上中下游產品附加價值合計的國國民生產所得(GDP)作為效益，初估縮小規模的國光帶給上中下游增加的GDP為2,862億元。對於徐版計算所得GDP的增加量，與會者已無疑義；但對於陳版社會福利計算所用模式及參數仍有完整性的疑問。共識是2種方法基於不同經濟價值分析計算，將併提送環境影響評估審查會中供委員審查參考，但應註明其應用上的限制。
綜上，國光石化開發案之社會經濟評估及成本效益分析的方法論，經各方專家學者討論，已獲致方法論的共識。目前陳版計算國光石化社會成本效益的結果，認為社會效益1,159億元，小於社會成本3,155億元，由會議討論過程可知，是因為環評大會未審定國光的環評報告書前，陳版尚無法將未來環評委員要求的環保措施的效果計入。如計入，則估計至少可以減少社會成本2,519億元，成為636億元，可使其社會效益大於社會成本。不過，由於一般大眾或環評委員的價值認知，不見得與經濟學家將海豚及濕地價值金錢化的方法與金額的認知ㄧ致，經濟學家計算的社會效益大於社會成本，只是各種參考資料的一個項目。