環保署對於「法律學者反對環保署敗訴不停工記者會」於會場散發一批法律人共同聲明資料中流於情緒而非理性的論述，表示遺憾。尤其聲明中一開始就指稱「中科三期七星園區開發案，環評在諸多爭議下，被官派代表『強行』投票通過，環保團體提出行政訴訟」一節，聲明人有甚麼根據把經常在環評委員會議的「表決」，以情緒性方式說成是「強行投票」？如果表決結果未符合環保團體的期待，就說成是被官派代表強行通過，則其他符合環保團體期待而被表決不通過的不也是「強行」通過。發表聲明的法律人何以在此時使用此「強行通過」的情緒性字眼，是否意圖誤導民眾將非理性的形象認知，加諸新政府的環保署，耐人尋味。聲明中又再指稱「環保署更史無前例地『為』開發單位提起上訴」，更有用「『為』開發單位提起上訴」的用辭，來引導民眾將新政府跟開發單位站在同一陣線的錯誤形象，加諸新政府的嫌疑。
其實中科三期七星農場案係於95年2月21日送環保署審查，當時為民進黨執政時期，行政院長為蘇貞昌先生，副院長為蔡英文，署長為張國龍先生。中科三期審查結論於97年1月31日經台北高等行政法院撤銷後，亦於97年2月19日民進黨執政時期提起上訴，均非目前新政府環保署的作為。環保署表示，共同聲明的法律人如果要理論是否應下令中科三期停工的話，請先直接找當時的行政院長蘇貞昌先生、副院長蔡英文、署長張國龍先生公開理論，並且問清楚是否刻意以官派代表『強行』投票通過，是否刻意史無前例地『為』開發單位提起上訴。請將理論結果告知本署，本署將轉達開發許可單位。
當年署長張國龍先生長期為環保團體人士，擔任署長時遴聘之環評專家委員14位中即有6位是環保團體人士，在環評委員會中有強大影響與說服力。95年本案專案小組5次初審及環評委員會審查，對於應完成健康風險評估的時間點爭議，業經當時環評委員充分討論，最後於95年6月30日環評委員會以表決方式作成營運前完成健康風險評估的結論。依「行政院環境保護署環境影響評估審查委員會組織規程」第9條，環評委員會本即為多數決，表決失利的少數環評委員及環保團體於表決後理應尊重表決結果，如事後將其他多數的委員誣指為表決部隊，其實只是不尊重他人與民主制度的態度。
99年1月21日最高行政法院判決撤銷環評委員會原審查結論後，新政府環保署是為前民進黨政府善後。雖然當年本案發生行政院副院長蔡英文關切本案，引起當時環評委員文魯彬表達抗議，遭媒体大幅報導事件，環保署極為慎重，仍就法論法，持平論述。共同聲明的法律人團體，只知要求環保署於最高行政法院判決後，依環評法要求中科三期停工，卻完全漠視行政程序法第117條、第118條、第119條及第121條給予開發單位享有的行政救濟程序，為其聲明資料中論述錯誤流於情緒的主因。中科三期七星農場案國科會已依法走完環境影響評估法規定的環評審查程序，因此園區內2家廠商已是依法申請、取得相關許可設置的合法廠商；事後因行政訴訟被撤銷環評審查結論後，須依行政程序法規定之行政救濟途徑處理，而非由環境影響評估法處理。共同聲明的法律人主張環保屬於後段的處理仍回到環境影響評估法，是完全忽視行政程序法。
本案應由許可核定機關（國科會、中科管理局、營建署等單位）依行政程序法規定，於2年內依職權衡量對廠商信賴利益保護與欲維護之社會公益後，為全部或一部之撤銷、另定失其效力之日期，或不撤銷。中科管理局依原審查結論之要求，委託台灣大學職業醫學與工業衛生研究院詹長權及吳焜裕博士之團隊進行中科七星農場健康風險評估，其報告已分析本案健康風險及提出健康風險管理規劃。依其評估，其致癌風險為2.13×10-7，依美國環保署標準，屬於可接受之風險。依據目前開發單位已完成之健康風險評估尚未審查完竣之結果顯示，本案健康影響風險或社會公益之影響在可接受之範圍內，因此國科會已依行政程序法規定決定可暫不撤銷本案之許可及要求停工。此亦說明國科會並非以98年12月31日最高行政法院對本案另一訴訟判決可不立即停工的結果，作為中科三期可不立即停工的唯一依據。
針對本案為何不適用「環境影響評估法」第14條及第22條規定及應由目的事業主管機關依「行政程序法」相關規定處理開發許可之相關問題，環保署已進行諸多詳細說明，詳情請參閱本署網站（http://www.epa.gov.tw/ch/SitePath.aspx?busin=336&path=13749&list=13749）。