針對聯合報107年7月18日「乾淨的煤？拆穿深澳電廠的六大謊言」之報導，環保署回應說明如下：
一、「深澳發電廠更新擴建計畫環境影響說明書第1次環境影響差異分析報告暨變更審查結論」案，屬「環境影響差異分析報告」之審查案件，在現行環評法之框架下，是在95年「深澳電廠更新擴建計畫環境影響說明書」已審查通過的基礎上，就開發行為「變更之內容」與「原規劃內容」之環境影響衝擊進行審酌。
二、該案開發單位所申請之變更內容為調降機組容量、降低空污排放量，並將原本計畫於人為開發擾動較少之番仔澳灣的海域設施、煤倉與灰塘，分別移至現有中油港區之深澳灣、電廠內及予以取消，整體環境負荷與原規劃內容相較均有降低。審查過程中並考量科學預測不確定性及環境變動因素，依法限期要求開發單位提出海域設施之環調報告，已屬環境保護與經濟開發兼籌並顧的作法。該案於107年3月14日第328次環評委員會表決審核修正通過，並於107年5月9日第330次環評委員會報告洽悉，且於107年6月28日作成行政處分。
三、針對該案，當地自救會與新北市政府已分別於7月9日及18日向行政院與環保署提起訴願。環保署尊重環評權益各方提起行政救濟之權利，後續將就提起訴願權能等程序事項，以及訴願書內容所載實體理由，依法審慎答辯。
四、另就報導內容所載空污影響有關疑義部分，環保署回應如下：
(1)環差報告中台電公司已採用空氣品質模式擬深澳發電廠影響性，模擬結果細懸浮微粒(PM2.5)日平均最大增量濃度為1.933μg/m3，模擬案例與測站實測值比較，誤差範圍符合空氣品質模式模擬規範性能評估規定。另以實際案例而言，自105年林口電廠新機組陸續開始營運，對臺北市、新北市與鄰近縣市PM2.5影響並沒有造成明顯惡化趨勢，可見深澳發電廠影響未如莊教授所述嚴重。
(2)依最新修正空氣污染防制法內容，在PM2.5空氣品質未符合標準之區域，新增屬特定大型污染源者，應採用最低可達成排放率控制技術，深澳電廠勢必為管制對象之一，並且環保署也會從源頭燃料管制訂定生煤燃料及成分之標準（如限制重金屬汞含量等），迫使電廠透過煤炭的洗選技術，洗選出較高純度的煤炭，降低燃燒雜質並提升效率，使用品質較高之煤炭同時控制設備技術(例如：加裝煙氣脫硫、脫硝和高效除塵裝置)降低空氣污染，深澳電廠已規劃採行超超臨界機組，預期可將每度發電量所產生之空氣污染物排放量降至最低。
(3)在風險評估上，環保署已參考美國有害重金屬管制標準限值管制方式，將汞納入「電力設施空氣污染物排放標準」加強排放管制，後續訂定「固定污染源有害空氣污染物排放標準」管制燃煤電廠排放重金屬，以健康風險評估結果訂出各項有害空氣污染物之製程排放標準，保護受體端之民眾健康。
五、最後，針對該報導為營造戲劇張力，捏造環評審議過程未發生之虛假內容，環保署深感遺憾。