針對聯合晚報99年8月18日報導「縣府，與民爭賠，中央，袖手旁觀」乙文中所述『環保署，依例只出一張嘴，災民哀哀無告、業者不痛不癢，「環保」署保護了什麼』之內文，環保署特此提出說明。
環保署澄清，本次工安事件自發生後，環保署毒災應變隊即趕赴現場協助空污監測，中區督察大隊及環檢所亦派員協助該府環保局進行水質採樣、檢測及指紋分析工作，並持續提供專業的技術及法令諮詢協助。此外，環保署已多次發函請雲林縣政府依「公害糾紛處理法」啟動公害糾紛緊急紓處小組妥為紓處污染損害糾紛，並儘速妥善紓處民眾抗爭行為，協助受損害民眾循公害糾紛處理法定程序進行損害求償，避免糾紛擴大外。此外，並已提供相關環保協定範本、技術諮詢及專家小組資料供雲林縣政府後續處理之參考，絕無該報導所言「只出一張嘴」的事實。
環保署表示，本案公害糾紛處理尚處於糾紛紓處階段，依公害糾紛處理法由地方主管機關雲林縣政府負責處理，環保署對於雲林縣政府在本案公害糾紛紓處過程，依雲林縣政府需求，提供必要之協助。環保署為進一步瞭解雲林縣政府針對六輕圍廠路祭事件及賠償與敦親睦鄰作法之紓處、調處，是否需要中央協助解決的事項，於99年8月18日下午四時由署長沈世宏主持召開「行政院環境保護署公害糾紛督導處理小組」會議，行政院相關部會代表出席，雲林縣副縣長未能出席，由環保局長陳世卿代表。會議並做成重要結論包括：請雲林縣政府依公害糾紛處理法，將工安火災損失賠償及長期污染所需敦親睦鄰工作分兩部分別進行紓處，倘紓處不成立，再進行調處，若調處不成立，涉及損害賠償部分則移請本署裁決委員會進行裁決。有關圍廠民眾之訴求，亦請雲林縣政府儘速邀集圍廠抗爭之民眾代表在會議桌上進行協商紓處。環保署並請雲林縣政府於紓處、調處過程中之相關資訊應公開透明，避免民眾誤解，將有助於公害糾紛之儘速解決。
環保署指出，雲林縣政府業已依「公害糾紛事件緊急紓處應變流程標準作業程序」，啟動「公害糾紛緊急疏處小組」並運作中，未來可依程序進行後續之調處。本署亦將持續督促該府依程序辦理，並提供必要之技術及法令諮詢協助，以妥善處理本次事件。倘須進入裁決程序，亦將妥於處理。