本署絶非自由時報9月25日報導所稱「縱容的共犯結構」，澄清說明如下：
一、93年12月14日臺東縣政府與美麗灣渡假村開發單位簽訂BOT「徵求民間參與杉原海水浴場經營案興建暨營運契約」，94年10月7日開發單位取得臺東縣政府核發之建照執照。因當時申請建築許可建築基地面積為9,997平方公尺，未達1公頃，未實施環境影響評估。96年5月台灣環境保護聯盟向本署檢舉，本案有違反環評法之情事。本署即於96年6月27日至現地查核，發現本案整體計畫已達應實施環境影響評估規模，但開發單位未實施環評即就其中一部分進行施工違反環評法第7條規定，本署於96年7月9日函請臺東縣政府依同法第22條處分，並應轉請目的事業主管機關命其停止開發行為在案。本署當時已依法監督及糾正地方政府不當作為，何來共犯結構？
二、美麗灣渡假村開發案之主管機關為臺東縣政府，環評法及其施行細則均已明定，這是環評分工審查制度重要的一環，也是地方自治重要精神，環境影響評估法及其補充解釋所規定之迴避規定適用於全國各環評案件，其合法性亦經最高行政法院於101年1月19日以101判字第55號判決所肯認。對於開發單位以切割方式規避環評而取得臺東縣政府核發建照，本署站在環保立場認定其屬應實施環評，已明確要求須依環評法辦理外，對於環評審查應迴避事項亦有清楚規範。本署身為環境最高主管機關，理當維護環評制度的合法運作。
三、另臺東縣政府於94年10月7日核發美麗灣渡假村股份有限公司興建旅館之建造執照，而臺東縣政府於97年7月22日始公告「美麗灣渡假村新建工程環境影響說明書」環境影響評估審查結論，臺東縣政府原於94年10月7日核發之旅館建照執照既在環境影響評估審查結論之前，且開發單位違反環評法第7條第1項應檢送環境影響說明書，向目的事業主管機關提出，並由目的事業主管機關轉送主管機關審查之規定，臺東縣政府所核發之旅館開發許可屬應環評而未環評，故本署於96年7月9日函請臺東縣政府依同法第22條處分，並命其停止開發行為，至於臺東縣政府嗣後於99年9月間所核發之使用執照雖在環境影響評估審查結論公告之後，係依建造執照及建築法相關規定所核發，有關美麗灣渡假村開發案內建築成為違建及其後續處理，涉及建築管理相關法規，須由建築主管機關依權責處理。