高雄市政府環保局回應本署「要求高雄市長陳菊澄清監督中油排放廢水責任」，本署回應如下：
本署新聞稿中所指陳「李局長的說明是張冠李戴，將並非法令不明而是市府監督中油失察的責任推給環保署」，是根據高雄市政府全球資訊網官方網站之市政新聞所述，若高雄市政府認為前述市政報導有誤，高雄市政府應於市政府官方網站另以更正稿澄清此則報導，以正視聽。本署再次重申，陳菊市長不容假藉任何理由，或含沙射影方式抹黑環保署以求自保，並應親自了解更正不實陳述，澄清市府監督中油失察的責任，並公開向市民及後勁居民道歉。
有關本署前則新聞稿指出「高雄市政府環保局李穆生局長表示中油藉報備排放廢水而高雄市政府失察，是因環保署水污染相關標準與規範不夠清楚完備，使地方面對污染遭遇困難」之說法，是依據高雄市政府公布於該市官方網站中之市政新聞中，敘述陳菊市長對此次中油藉報備排放廢汙水進入後勁溪陳述的意見後，再論及：「環保局長李穆生解釋，由於環保署目前對水污染相關標準與規範並不夠清楚完備，使地方面對水污染防治時遭遇困難，例如與石化業有關之水中揮發性有機物（VOCs）六項標準以及塑化劑相關標準，年底才會公布，待明年七月一日正式實施，目前環保局只能依照一般共同標準，從河川的生化需氧量（BOD）與化學需氧量（COD）來檢測」，可見高雄市政府的市政新聞稿是以此段與本次環署南部稽查大隊稽查發現中油排放廢汙水所違反條款無關的陳述，將高雄市政府監督中油失察責任推給環保署。本則市政新聞並由多家媒體引述報導，並非如高雄市環保局新聞稿所述僅為「專家學者之論點」，本署引述正確，並無不當。
另本署訂於本（100）年11月26日於嘉義市舉辦「垃圾清運安全演練及車輛更新節能觀摩活動」，高雄市環保局李局長於高雄市議會回應質詢時，配合民進黨市議員刻意曲解活動係為競選造勢，涉及行政不中立而拒絕派員參加。由於議會詢答內容係公開資訊，本署深恐誤導民眾並擔心影響高雄市三千多位清潔隊員之安全福祉，乃特別發布新聞予以澄清，期導正高雄市政府之錯誤認知。惟高雄市政府環境保護局今日回應本署之澄清新聞稿時，卻提出了詢答當天並未提到係因登革熱防疫問題而無法抽調人車的真正理由，顯然李局長當時係配合市議員來抹黑環保署。
本署迄今尚未收到髙雄巿政府的回函，而李局長在議會回答市議員已發函拒絶參加本署該次的活動。高雄市政府於回應本署澄清稿所發布的新聞稿中，說明李局長係為尊重市議員為由才配合抹黑環保署，來說明當時的不得已。陳菊市長在市議會現場的市政總質詢發生此事，誠屬令人遺憾之事，陳市長理因為此向市民公開道歉。企盼高雄市政府能以清潔隊員安全福祉為念，切勿配合政治操作扭曲環保署的旨意，中央與地方齊心協力共同作好清潔隊員的安全防護工作。