對於媒體報導陳重信教授及詹長權教授連署朝野提非核家園時間表乙文，環保署表示，該署於3月23日環評委員會第204次會議已決議就能源政策之6項策略議題包括「能源配比經營策略」、「核能過渡策略」、「熱電系統發展策略」、 「能源效率提升策略」、「再生能源發展策略」、「碳封存及捕捉發展策略」及其環境影響召開專家會議，由爭議各方推薦其所信任專家，進行專業討論，藉政策環評提供能源發展政策的決策溝通平台，以便民眾、團體、專家及政府就能源發展政策據以決策有關的科技與事實方面，形成共識，作為能源發展政策決策者決策的重要參據，環保署並表示核能議題應由上述能源政策6項策略議題進行全方位考量。
環保署表示民國91年11月19日立法院立法通過環境基本法，民進黨政府執政八年期間並未依該法訂定逐步達成非核家園目標的計畫，亦未依法進行「能源配比」或「能源開發綱領」之政策環評，國民黨政府於97年5月20日執政後，環保署認為「能源開發綱領」之政策環評事關重大，積極要求經濟部應於99年12月31日前完成「能源開發綱領」政策環評草案，送環保署徵詢意見，經濟部已依時程將「能源開發綱領」政策環評草案送環保署，可見新政府對能源政策之重視。
依據經濟部「能源發展綱領政策評估說明書」草案中陳現的資料， 2009年電廠之發電量為229,694百萬度，其中燃煤佔38.4％、燃氣佔20.1％、核能佔18.1％、汽電共生佔15.8％、再生能源佔3.5％、燃油 佔2.7％、抽蓄水力佔1.4％。如以2009年電廠之發電裝置容量為47,985百萬瓦來分析，其中燃氣佔30.6％、燃煤佔24.8％、汽電共生佔14.6％、核能佔10.7％、燃油佔7.5％、再生能源佔6.4％、抽蓄水力佔5.4％。因能源配比或發電所用能源種類與二氧化碳的排放量及發電成本有密切關係，而與電價息息相關。如快速提高再生能源的配比將可使二氧化碳的排放量降低，但電價需要提高才能反映成本；如增加核能發電配比，雖然可以降低二氧化碳的排放量，卻有核能安全及輻射外洩的疑慮；如增加燃煤發電，則二氧化碳的排放量會增加，而增加達到未來我國的國家減碳目標的困難。
環保署強調如何決定我國未來2020年甚至到2050年的能源配比非常重要，有很多不同的選項，需要建立一個專業溝通平台，讓爭議各方推薦其所信任專家，進行專業討論以形成共識後，將相關科技與成本效益評估的事實或不確定性程度的事實，納入我國能源發展綱領環評說明書，以作為未來我國能源發展政策及訂定環境基本法中逐步達成非核家園目標計畫的決策依據。環保署表示未來能源政策應更有國際觀及全方位考量，以因應環境保護與產業發展之挑戰。
在環保署的能源發展綱領政策環評專家會議中，其中「能源配比經營策略」及「核能過渡策略」議題將會討論在非核家園的前提下，核能發電所需的過渡時間長短。首先，要先確定我國再生能源的發展空間有多大，當窮盡一切手段後再生能源的設置容量及發電量是多少，其中風力發電、太陽光電、太陽熱能發電、生質能各是多少；接著天然氣發電有多少可再發展空間，燃煤發電會排放多少空氣污染物及溫室氣體，可以接受多少燃煤發電；從需求端推動節約用電後未來我國電力的需求多少；最後才能確定核能發電的過渡時間長短，並據以訂定逐步達成非核家園目標的計畫。
行政院已確立國家節能減碳總計畫，並確定減量目標為2020年回歸2005年排放目標；中長期以2025年回歸2000年為排放目標。依此目標，根據環保署初步推估，台灣未來10年減碳數量可能需高達2.1億噸，減量幅度約45％，比南韓30％更大，對馬政府及台灣經濟競爭力挑戰相當大。為因應全球對於節能減碳工作重視，我政府除已揭示國家溫室氣體減量目標外，今年度也積極啟動適合我國情需求的溫室氣體國家適當減緩行動(NAMAs)，並全力推動減碳四法立法工作，包括已完成立法的「再生能源發展條例」及「能源管理法」，以及立法院完成一讀的「溫室氣體減量法（草案）」與財政部研擬中的「能源稅條例（草案）」，據以建構國 內所有溫室氣體減量工作之法制基礎，此外，為落實減碳目標之達成，行政院在2009年底業已成立「行政院節能減碳推動會」，透過跨部會整合統籌「國家節能減碳總計畫」及其十大標竿方案，藉由各部門節能減碳重點計畫與分年目標的實踐，具體強化各部會執行節能減碳重點措施，全面引導低碳經濟發展。在2010年度已全力執行300項行動計畫。
環保署強調我國燃料燃燒排放二氧化碳自1990年以來一路成長，2007年達到最高值，是1990年的2.4倍。新政府自2008年執政後非常重視節能減碳政策之推動與落實，2009年二氧化碳排放量較2008年減量達4.9%，係繼2008年較2007年減量幅度達 4.1%的首度負成長後，再度呈現負成長。上述減量雖有國際油價上漲及金融風暴造成景氣下降影響的因素，但是隨著經濟逐漸復甦，我國2010年的前三季經濟成長率達百分之十二，碳排放量成長幅度僅有百分之六點七，顯示能源密集度降低了百分之四，降幅為近二十年來之冠，皆顯示政府節能減碳的政策與宣導，公家機關節能競賽，家戶省電電費折扣縣市競賽，購買節能家電補貼，企業節能減碳輔導等等，發揮了相當的效果，讓經濟成長與溫室氣體排放呈現脫鉤現象。
為進一步避免開發案之排放增量對國家減量目標之影響，環保署亦透過環評審查程序，要求開發單位在製程技術的採用，須符合歐盟最佳可行技術之要求，將排放增量降至最低；並需積極投入新減量技術（如：碳捕捉及碳封存等）與新能源技術研發工作。另外，在抵換規劃方面，則要求開發單位需以境內碳權為優先。為達成國家減碳目標，政府目前仍積極推動既可大幅減碳符合我國既定期程，又不影響新開發計畫成立及經濟發展成長之減碳措施研定工作，期望透過購買再生能源發電之合理的優惠電價訂定，鼓勵民間資金投入；提高各種產品及製程的能源效率標準；大幅運用現有電廠、焚化廠及工業鍋爐的餘熱併同農林有機廢棄物及風能、太陽熱能與儲能設施，以小型區域系統方式供應工廠、商場及社區所需熱水、暖氣、冷氣、冷凍或電力，以發揮靈活的減碳操作，使經濟成長與溫室氣體排放脫鉤，朝永續低碳經濟目標邁進。