莊秉潔教授有中央研究院院士共同具名，且獲得台灣風險分析學會頒給海報論文優良獎，且在網路上流傳與討論的國光石化健康風險評估研究報告，宣稱國光石化將造成比六輕每年多150%的癌死率，達到每年4260人的嚴重程度，也引起各界對其方法論及數據正確性的探討。本署因此邀請空污擴散、流行病學及健康風險評估專長的專家學者(包括具名的中研院院院士及頒給優良論文獎的台灣風險分析學會的教授成員，但此三位學者於三次會議均未見出席)於100年3月24日、4月6日及4月14日召開3次討論會，討論開發單位國光公司及莊教授研究報告中評估國光石化健康風險時在方法論上的差異。因為健康風險評估方法論的適用不限於國光石化，也將影響其他開發案件的環境影響評估方法與健康風險係數的選擇，故本署特邀請不同觀點論述之學者專家來進行學術專業之公開討論（邀請之專家學者名單詳如附件1-開會通知單）。會議的共識是該篇報告完整性及正確性不足，造成極為高估的PM2.5劑量效應係數，是國外公認結果的40到50倍，無法納入國光石化環境影響評估審查參考。
本會議討論之方法論有三：（1）國光石化使用的健康風險評估方法，即莊教授所稱第一種方法，是窮舉污染物項目及其劑量效應係數，與擴散模式計算的結果濃度相乘後加總得到健康風險率。（2）莊教授的第二種方法，是用不同的擴散模式計算國光PM2.5在全台的濃度後與美國學者Pope等教授流行病學得到的劑量效應係數相乘獲得健康風險率及全台健康影響。（3）莊教授的第三種方法，是六輕的污染物排放以莊教授所用擴散模式計算出濃度在全台產生的增量及全台在六輕前後的癌死增加率，進行迴歸分析求取六輕PM2.5的劑量效應係數，來代替Pope等的劑量效應係數，計算國光引起的癌死增加率。第三種方法在方法論上的瑕疵是比國外公認結果高40到50倍的主因。
本會議歷經3次討論，主要結論摘述如下：（1）莊教授的第三種方法，與會專家學者認為完整性及正確性不足，還不足以用來確定六輕造成之背景，無法納入國光石化環境影響評估審查參考，倘未來有更成熟之方法時再討論。（2）請莊教授回歸到第二種方法，以Pope等流行病學得到的劑量效應係數來分析國光石化開發之健康風險，然後與國光石化公司之健康風險評估報告併提環境影響評估審查委員會參考。（3）承上，有關國光石化社會經濟成本之估算，自應回歸到Pope等，空氣中PM2.5年平均濃度每增加10μg/m3，減少0.61年平均餘命之結果來估算健康成本，而非使用平均餘命79年來估算，否則將造成極為偏高估算的社會成本。
至於開發案增加的健康風險率在多少以下是可以接受的呢？依美國聯邦環保署為例，其主管的各個法律所制定的可接受風險率不盡相同。一般的原則是：健康風險率增加量在百萬分之一(1.0x10-6)以下時，是可忽略的風險；健康風險率增加量在百萬分之一(1.0x10-6)以上時，如果已採取了最佳可行的生產技術或污染控制措施，而健康風險率增加量可控制在萬分之ㄧ(1.0x10-4)以下者，仍是可接受的風險；健康風險率增加量無法控制在萬分之ㄧ(1.0x10-4)以下時，就是不可接受的風險，除非有特殊需要的情形才能例外地予以考量。