環保署針對聯合晚報昨日刊登部份環保團體成員及雲林縣縣長與麥寮鄉鄉長及縣議員，抨擊環保署環境影響評估專案小組會議審查中科四期二林園區開發案初步結論中同意廢水排放可排入濁水溪或舊濁水溪的報導，提出澄清說明。並呼籲民眾要非常小心分辨政治人物或環保團體的言論，究竟是專業與理性的論述，還是維護自身利益或價值觀念的政治語言，以免被誤導而扭曲對事實的認知。
負責開發單位環評報告初審的環保署環評專案小組，容納了環保團體推薦其信任的專家為專案小組成員，以確保在審查過程維持中立、客觀、科學與專業的討論，並以共識決達成結論。雲彰沿海養殖業者、環保團體及雲林縣政府與民代，在參與專案小組至少3次至5次的初審會議審查過程中，提出疑慮、發表意見及提出主張。專案小組成員並據以要求中科提出去除前述疑慮的說明或修正開發計畫的措施，經審議後，將充分考量保護環境、農漁業與居民健康的需要，且專案小組認為可接受的環境影響減輕措施，做成初步結論，建議未來環評委員大會審查時予以採納。遺憾的是，報導中的部份環保團體成員及雲林縣縣長與麥寮鄉鄉長及縣議員，完全無視專案小組所做成結論建議中，為去除渠等疑慮，採取較諸以往極為嚴格的減輕措施要求，仍然拉高分貝一再復誦疑慮，並以驚悚的政治語言扭曲事實或誇大預測來刺激民眾。其例如下：
一、雲林縣長蘇治芬積極爭取中科四期設置於現有中科虎尾工業園區中，未獲同意；98年9月25日仍發文國科會，要求擴大開發虎尾園區。顯然，蘇縣長相信園區廢水排放到新虎尾溪後增加的汙染，對於沿岸的農林漁牧及出海口一帶養殖業，也可以做到讓民眾相信沒有影響的境界。如今中科四期擬設置於彰化二林，環保署環評專案小組初審結論建議要求中科四期採取比在虎尾園區更嚴格的減輕措施，使廢水不論排入濁水溪或排入舊濁水溪，都不可以影響沿岸農林漁牧及出海口養殖業，昨日報導中蘇縣長卻說只要排到濁水溪就是吃人夠夠，要帶頭抗爭，決不妥協，誓死反對到底，還順便將馬總統說成是第一個污染濁水溪的總統。請民眾分辨，蘇縣長如此雙重標準，其實是說給雲林人聽的政治語言。麥寮鄉鄉長及縣議員亦以中科四期廢水可以排入濁水溪，斥責為政府無能又不負責任，要動員全鄉抗爭，用生命抵抗，卻不同時向大家說明其當年抵抗六輕，在六輕設廠後即不再抗爭污染的道理，是否六輕的確採取了可被接受的措施以減輕環境影響。
二、彰化縣環境保護聯盟總幹事施月英仍強調，彰化沿海養殖一點都禁不起污染，只要廢水排入舊濁水溪或濁水溪，就讓大家要吃污染的海產，弱勢漁民失去生計。環保署環評專案小組於結論建議中依河川稀釋度及養殖業不受污染為前提，決定了中科四期污水處理後更嚴格的放流水的污染物限制，要求其重金屬銅濃度管制限值應低於0.07mg/L（現行放流水標準為3mg/L，約標準値的1/45），且未來的監控採取專案小組中環保團體推薦台大教授的研究結果，規定牡蠣體內檢測銅濃度值超過100mg/kg濕重的安全值時，必須改採海洋放流，以確保海產不受污染。施女士無視微量的銅仍是人體需要的元素，持續於昨日報導中表達其憂心。施女士擔心中科四期會加大當地沿海地下水的超抽，環保署環評專案小組也因此於結論建議中作了管制其超抽的規定，施女士無視此規定，仍持續於昨日報導中表達對地層下陷的憂心。
另外昨日報導中所述：「未料雲林一反彈環署就改打彰化縣主意，結果變成兩案並陳」是不正確的。其實，中科四期環評報告書原僅提出一個方案，是將廢水「以專用管線排至舊濁水溪」，在本案環評說明書審查過程中，由於王功外海養殖業者擔心廢水影響養殖漁業，進行抗爭要求改排，彰化縣政府亦予支持，且建議中科採納「排放至濁水溪」的第二個替代方案。中科管理局在環評審查過程，因彰化縣福興鄉外海養殖業抗爭，確曾於審查會中聲明放棄舊濁水溪排放方案，並非環保署或環評委員會審查之決定。中科管理局確因民眾抗爭或民代、縣長抗議而於審查會中或其他場合對外宣布要放棄某一替代方案。環評委員會不宜涉入非屬專業審查範圍之政治性爭議，故繼續審查中科管理局曾提出或納入的各種替代方案，不改變審查的範圍。除非是環評委員認定環境影響重大須予否決之開發案，否則不管是「舊濁水溪」或「濁水溪」方案，環保署或環評委員會不排除或選擇其中某一特定排放方案。初審結果中科四期環評初審專案小組認為，廢水排放至舊濁水溪或濁水溪河口潮間帶低潮線以下海域均屬可接受的方案，應請中科管理局在取得目的事業主管機關許可的前提下，充分考量環境、技術、經濟、管理等四方面後，採行較佳方案。
此外，在初審結果中已明確要求進駐廠商應與全世界最為嚴格的歐盟REACH制度完整接軌，進行化學品管理，非僅要求申報及登錄化學品而已。此為歷來環評結論中，要求最為前瞻的管制措施，解除環保團體近來「以十九世紀法令管理二十一世紀科學園區」的疑慮。
環保署表示中科四期係依環境影響評估法規定審查，因此專案小組第5次初審會議獲致共識的結論將提環保署環評委員會大會討論。環保署表示如本開發計畫通過環境影響評估審查，將要求開發單位落實相關環境保護的承諾事項，並經常監督查核，以確保達成環境影響評估預防及減輕開發對環境造成影響的目的。