在環保署督察總隊南區大隊深入稽查，揪出中油高雄總廠藉向市府報備時將廢水與暴雨逕流一併排放，造成後勁居民經常陳情聞到莫名異味的疏失後，負最大監督責任的地方主管機關高雄市政府，市長陳菊立即懲處撤換市府環保局的主辦科長。但今日媒體刊登高雄市政府新聞稿「中油排污案陳菊：嚴把關，請政風單位調查，若環保局有疏忽，將追究到底」的報導，敘述高雄市政府環保局局長李穆生在市議會出席市議員黃石龍召開的記者會時，將中油藉報備排放廢水而高雄市政府失察，說明是因環保署水污染相關標準與規範不夠清楚完備，石化業未訂定水中揮發性有機物等相關標準，使地方面對污染遭遇困難。
環保署表示，李局長的說明是張冠李戴，將並非法令不明而是市府監督中油失察的責任推給環保署；市議員黃石龍更召開記者會，以片段之現場描述誣指破獲本案違法事實的環保署南區督察大隊包庇中油，再配合疾言厲色譴責中油，產生幫忙市政府稀釋其監督失察責任的效果。如陳菊市長繼續默許這些陳述而不予更正，即顯示陳菊市長撤換環保局的主辦科長，是先斷尾求生坐穩立場以求自保後，再讓市議會議員合力抹黑環保署，來混淆大眾視聽。環保署要求陳菊市長，固然應聲明對中油排放廢水影響後勁居民生活環境的行為嚴於懲罰，也應聲明不做抹黑環保署以自保的事，並公開向市民道歉及澄清市府監督中油失察的責任。
環保署表示，本次污染事件係因中油高雄煉油廠以豪雨為由，在向高雄市政府環保局報備後，排放已貯存之廢水及含有作業廢水之逕流廢水，高雄市政府環保局未詳加審查其報備後排放之行為內涵已誤用報備制度，事後亦未查核，造成後勁溪水質污染影響居民作息。環保署因此要求該局檢討其同意報備排放之責任，係基於相關報備規定在現行「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」中均已清楚訂定。
環保署另外說明，依水污染防治法第7條第2項規定，地方政府可視轄區內環境特殊或需特予保護之水體，增訂或加嚴轄內放流水標準，高雄市政府亦可就轄內石化業之特性，增訂石化業放流水標準，加強管理，並非一定需要等待環保署的新標準。至於石化業放流水標準的強化，環保署已於今年9月5日完成公聽程序，預定年底前完成發布。