11月14日台大職業醫學與工業衛生研究所副教授吳焜裕以「照這種評估 狗屎都能吃」為題投書媒體，質疑國光石化廢水比飲用水乾淨安全。環保署回應表示，該日環保署係召開國光石化開發計畫環評之健康風險評估專家會議第3次延續會議，主要在確認本畫之危害性化學物質排放清單及危害鑑定、劑量效應評估及其係數、影響範圍界定、暴露及多介質評估模式及其參數等事項，吳教授身為環保團體推薦的專家，未仔細審酌開發單位之說明，僅摘取其中部分資料即以主觀看法投書媒體，與其他與會專家的作為極為不同。本署必須指出其誤謬之處，以免嚴重誤導國人的認知。
首先說明吳文指責環保署未反駁工業局所稱國光石化的健康風險為可接受範圍一節。其實所謂可接受健康風險範圍，證諸美國環保署的可接受原則，係致癌風險率在百萬分之ㄧ(10-6)以下時，為可忽略之風險；風險率在萬分之ㄧ與百萬分之ㄧ之間(10-4~10-6)，且已採取最佳可行控制策略時，為可接受風險；而風險率大於萬分之ㄧ(10-4)時，須在特殊需要情形下，方為可接受風險。
環保署表示，本案目前風險評估的結果在十萬分之一與萬分之ㄧ之間，本署已要求應採最佳可行控制技術以降低風險。未來國光石化提出最佳可行控制技術後所降低之風險是否可接受應由環評委員討論及決議，在後續環評專案小組及環評委員會尚未審定前，環保署對工業局主張國光石化健康風險仍在前述美國環保署所訂可接受原則的範圍內之說法，並無反駁之必要。
其次說明吳文指責環保署99年4月公告之「健康風險評估技術規範」為錯誤百出乙節。本署在制定該規範過程，由接受本署委辦的學術團隊邀請吳教授出席研商會議時，未見其出席亦未提供書面意見；規範草案公告期間吳教授仍未表示異議。該規範定案後吳教授則屢次批評該規範錯誤百出，但迄今未見其向環保署提出錯誤所在之處。吳教授以擔任台灣風險分析學會秘書長身分，未見積極參與該技術規範制定或具體指陳需修改處，卻以概括批評的方式否定其他所有參與學者專家的努力成果，並且說要與環保署公開辯論。其實吳教授應具體指明其認為技術規範有錯誤之處，並與其他參與的學者專家討論，何以其見解與人不同，以爭取支持。
再來說明吳副教授質疑國光石化在廢汙水的健康風險評估上，使用處理過後的廢水比飲用水還乾淨的水質數據乙節，其他專家已於會中詳加討論。會議當日吳副教授到場提出書面意見後即因校內課程教學需要先行離開，未能全程參與討論，對當日會議討論及結論建議事項未盡瞭解。會後，逕以「照這種評估 狗屎都能吃」這種偏激言論投書媒體，否定其他與會者之專業與學術能力，實應愧對推薦其參與討論之環團用心。工業廢水經處理過後的放流水水質，有些項目是有機會比飲用水水質標準還低，但不表示任何人會放心的拿放流水當作飲用水來直接飲用。吳教授卻把不會被人直接飲用的放流水，用採狗屎檢驗後，可證實狗屎為可食用來比擬。此種作為實不足取。
吳副教授所提用於健康風險評估之廢水水質優於飲用水標準問題，當日會中與會專家與國光石化執行團隊討論時，國光石化執行團隊說明，該採樣地點為中油所屬石化廠，石化廠各製程流體皆為有價值之原料或產品，因此會經最有效處理、回收或多次循環利用，以使所有物料可有效利用。油水分離池及廢水處理廠經加蓋及密閉抽氣處理，因此廢水處理過程中如生物曝氣處理等所逸散之揮發性有機物(VOC)等有可能危害的物質，係收集至廠區燃氣系統處理，此部分VOC已納入氣體危害物質進行健康風險評估。實際檢測的廢水，係該石化廠於處理後進入聯合污水廠前的廢水。本案係委託經本署認可的代檢驗業者中環公司進行採樣並分析樣品中物質六十多種。健康風險評估報告則將偵測到的7種物質，包括溶解性揮發性有機物(SVOCs)及重金屬成分，進行健康風險計算。
上述以相似既存製程之檢測方式進行廢水排放源之污染鑑定，符合環保署公告「健康風險評估技術規範」。有關國光石化執行團隊11日會議簡報資料僅列出SVOCs及重金屬進行健康風險評估，應就實測資料是否足以代表本案之排放水特性加以說明。因此於前述會議結論，有關健康風險評估之不確定性中，要求執行團隊再加以補充說明。
本案「健康風險評估」議題專家會議之專家係由（一）目的事業主管機關/開發單位（二）縣政府/鄉公所（三）民間團體等三方各推薦2人代表參加，此專家會議是釐清爭議而非一言堂之平台。各方所推薦之專家經歷數次會議討論，在11月11日之會議，與會各專家對於本案健康風險評估報告得到數項結論，重點包括：
一、健康風險評估之不確定性，應從排放源(包含固定污染源、移動污染源及意外事件排放…等，並針對本案篩選出來之338種物質清單，分析其完整性及代表性，同時，再確認其排放量資料之正確性。)、傳輸(應再補充本案所使用之BMD、ISC、蒙地卡羅及多介質模式模擬之不確定性及限制，並說明是否採用Worst Situation)及受體（包括空氣品質、海域水質、海洋生物、孕婦及幼/兒童等敏感族群評估項目之篩選原則、與中科三、四期及六輕等開發案加乘效應之計算方式、不確定性及限制。）等加以敘明。
二、風險管理：應針對風險評估結果，就工程處理技術、防範措施管理及環境管理措施…等面向，研提最佳可行風險管理策略。
三、有關執行團隊評估結果，鄰近鄉鎮之總致癌性風險大於10-6，與會專家認為應依環保署公告「健康風險評估技術規範」，提出最佳可行風險管理策略，送後續環評專案小組審查。
關於吳副教授履批評環保署99年4月公告之「健康風險評估技術規範」為錯誤百出乙節，環保署再詳細說明如下：民國97年間環署以公開招標方式邀請各專業團體、學術機關協助該署研擬「健康風險評估技術規範草案」，經第1次公告無人投標後，98年2月辦理第2次招標並評選始由「國立台灣大學」團隊得標承攬，該團隊旋即辦理3場次專家諮詢會議。環保署再於99年3月2日召開之公聽研商會議，該次會議並邀請擔任台灣風險分析協會秘書長吳焜裕副教授參與，惟副吳教授並未參加，亦未提供書面意見。99年3月2日起，環保署依法定程序預告評估技術規範草案的期間，亦未見吳教授提出異議，卻在定稿公告後，提出該技術規範錯誤百出的批評。環保署誠懇請求吳副教授將其認為該技術規範錯誤百出之處，具體指明。環保署將廣泛諮詢國內健康風險評估的專家學者，如認為其具體指陳處確有修正的必要，將依法制作業程序修正該技術規範。修正前或修正後均請各界遵守該技術規範的規定進行健康風險評估。
國光石化的健康風險評估，目前已完成專家會議討論。對於專家意見將請開發單位補充修正後，併其他各組專家會議及專案小組初審會第2次會議之補正資料，於召開本案專案小組初審會中討論。已知健康風險評估結果，鄰近鄉鎮之總致癌性風險大於10-6，其中大城鄉達8.48x10-5。由於我國並未明定可接受之健康風險基準值，參考美國環保署所訂原則，要求最佳可行控制技術及其他控制策略以將低風險，經審查確認後，10-4~10-6間的風險率為可接受風險。環保署表示，本案後續環評專案小組及環評委員會將審慎進行審查。