近日媒體報導底渣再利用三級品管失靈及申報問題，環保署表示，推動三級品管的目的，主要在促使底渣再利用主辦縣市政府及再利用機構建立品質管理制度。在再利用機構方面，應成立品管組織、訂定作業方式、品質管理標準、資源化產品品質檢驗、自主化檢查與內部文件管理系統。在主辦縣市政府方面，則應成立督導小組、建立監督組織、監督作業方式及頻率、審查再利用機構之品質計畫、抽驗資源化產品，及審查再利用機構底渣申報內容。中央則輔導各單位進行自主管理。
環保署表示，建立申報網頁之用意，係提供主辦縣市政府將底渣再利用成果登錄之紀錄平臺，縣市政府可透過此平臺查詢相關資訊，作為委託再利用機構處理情形查對、統計，地方環保局可妥善運用此項工具並落實查核。此外，底渣自垃圾焚化廠產出，每噸底渣均經過磅後運出廠外，除進掩埋場掩埋外，就僅有再利用一途，再利用是由主辦縣市環保局付費，委請再利用機構處理並進行再利用，每一噸底渣資源化產品的再利用都需要確認流向、完成驗收，如果是非法棄置則無法領到處理費，因此流向追蹤與管理非常重要，環保局在委託處理時應思考如何運用本署規劃之機制進行追蹤，以及如何搭配府內局處會計部門之估算驗收作業，避免漏洞產生。
環保署強調，業者只要有申報，各地環保局應都會去稽核，通過稽核才會發給處理費，如果登記的最終處理場是假地址，除了無法驗收請款外，也有偽造文書問題，一旦查獲，將移送法辦。將請臺南市政府環保局再確認業者申報登記資料的真假，也將了解有無稽核不實問題，至於焚化廠底渣流向管理也會全面檢討。