回應二位立法委員在立法院召開記者會，指稱環保署長過去在立法院的詢答，曲解法令，應為中科停工事件負最大責任的媒體報導，環保署署長表示，中科三期的爭議焦點，其實已是適用法律的爭議，而非單純的環保爭議。
根據分析，中科三期中已營運或興建中的廠商，如果未能配合台北高等行政法院所做成的假處分裁定，是於法(行政程序法)有據，而且有其正當性。目前正在台北高等行政法院訴訟中，要求環保署依據環境影響評估法第14條及第22條，下令撤銷中科三期的的開發許可的本案，以及此次台北高等行政法院依據行政訴訟法第298條第2項做成的假處分裁定，是一群人(有各路人馬，包括一些環保團體人士，在台灣法學雜誌論述的法律學者，訴訟的執業律師，以及立法院民進黨團部份立委) 集體操作結果，渠等刻意忽略行政程序法的作用，忽略專業人士製作的環境影響評估量化資訊，以感性語言及誇大方式形容開發案的環境影響，來製造環保署拒下撤銷開發許可命令、不環保及不尊重司法，鴨霸對抗司法體系的大眾媒體印象，並不惜犧牲當年民進黨政府所積極推動的園區廠商合法權益，藉以強化國民黨政府為無能政府的訴求。
在民國91年中央民進黨執政時代，就已經將環境影響評估法第14條修正，把要求環保署通知目的事業主管機關註銷違法開法許可的規定刪除，改為由目的事業主管機關依據行政程序法的規定處理違法的開發許可。此在立法院的立法關係文書中記載甚明。但目前無論前述人士或法官裁定假處分的論述中，均刻意忽略或忽視此環境影響評估法第14條的修正及行政程序法的適用，渠等不斷歸責環保署並以錯誤的主張興訟，以至法官據此做成適用法律考量不完整的裁定。
依據行政程序法第117條，即使是違法的行政處分，如果原處分機關或其上級機關認定，此違法行政處分的信賴保護利益大於撤銷此行政處分所欲維持的公益時，此行政處分即不得撤銷，請注意是「不得」撤銷。而國科會給予中科三期的開發許可因最高行政法院裁定撤銷環境影響評估審查結論，變成違法的開發許可後，基於所委託知名專業人士所做成最新的健康風險評估結果，顯示其風險在可接受範圍內，國科會據此清楚的認定，本案的信賴保護利益大於撤銷許可所欲維持的公益，因此做出不予撤銷開發許可的決定。
在本次法院的假處分裁定，要求環保署通知國科會停止執行開法許可的論述中，錯誤地認為環保署可認定國科會的開發許可違反環境影響評估法第14條及通知國科會停止開發行為，並完全未論述行政程序法及考量國科會依據行政程序法第117條已做成的認定，僅考量聲請人把開發結果說成各種環境影響都會非常嚴重的定性式敘述，視過去專業的環評報告書及環評委員的專業審查結果如無物。
由於國科會所做成信賴保護利益大於撤銷許可所欲維持的公益的認定，形成符合行政程序法第117條規定不得撤銷開發許可的結果，因此中科三期中已營運或興建中的廠商，如果未能配合台北高等行政法院所做成的假處分裁定，是於法(行政程序法)有據，而且有其正當性。
環保署署長沈世宏在立法院對立委的答詢時，一再強調環境影響評估法第14條對處理本案的不適用，須由國科會於行政程序法處理的緣由，在立法院有紀錄可稽。將此次中科三期假處分停止開發行為，歸責於沈世宏在立法院的依法論述所造成，並不正確。