環保署107年3月2日召開「麥寮海水淡化廠新建工程環境影響說明書」專案小組第2次初審會議獲致「建議通過」結論，據經濟日報當日報導，台塑抨擊會議結論所列「枯水期日產淡水量」「3年內完工營運」之管制手段與目標相違悖，違悖環評初衷。環保署澄清，前述內容均為當日台塑主管代表會中回應確認事項，會議結論係按台塑代表發言內容記載，以切實釐清本案海淡供水控管機制，以及外界長年對枯水期供水來源相關疑義，進而獲致建議通過之結論。台塑公司以其回應內容抨擊環評審查，環保署表示不解，並認有必要對外澄清。
環保署說明，依台塑公司報告所載，本案屬六輕枯水期自籌水源替代方案，於農業渠道灌溉尾水再利用窒礙難行下，申請設置可日產淡水量10萬噸之海水淡化廠，以確保枯水期六輕供水穩定，並規劃缺水時以高載運轉，減少自集集攔河堰取水量；又經台塑代表於會中回應環評委員有關提升供水運轉比率可行性意見時表明「我們是分枯水期跟豐水期，枯水期當然一定是百分之百，在2到5月一定是百分之百」，續亦表達「3年內完工營運」之開發規劃。故初審結論補正確認事項（一）才據以列明「開發單位確認『缺水時以高載運轉，減少自集集攔河堰取水量』，係採每年2至5月或經濟部水利署認定水源不足期間（排除開發單位不可抗力因素期間），採日產淡水量10萬噸全量運轉，並於公告審查結論後3年內完成興建營運。」同意納入六輕擔心的不可抗力因素，至於六輕倘欲改變其回應承諾內容，則應於後續環評委員會說明。
環保署強調，本案環評審查係在六輕已進入營運開發之基礎上，尋求集集攔河堰枯水期無工業水權之可行水源替代方案，同時減輕爭議與社會衝突，尋求環境與六輕開發之平衡點，針對台塑主管所言「如果環評大會無法改變環評結論，不排除放棄新建海淡廠計畫」，環保署認為水資源是公共財，有多元公益功能，環保署建議台塑集團應善盡社會責任，持續就本案開發有關疑義補充說明，盡可能將初審過程委員所提增加使用綠電、鹵水檢驗回收等環境友善對策納入考量，且與民眾團體持續溝通對話，方為經濟與環保兼籌並顧之道。