環保署從來未曾有過，更未宣傳「六輕設廠後罹癌率降低了或最低」的説法，事實上全國各地罹癌率多年來一直是上升的。但蘋果日報101年10月25日的A8版報導，引述雲林縣民曾永賓氣憤的話語：「之前中央宣傳麥寮的罹癌率是最低的，怎麼不出來道歉？請中央不要老是以台北人的觀點、拿一些似是而非的數據來欺騙社會大眾。」且蘋果日報10月27日刊登環球科技大學陳泰安講師投書「給雲林沿海居民真相」，在文末即質疑本署不應該説這句話。可見蘋果日報的報導已發生以訛傳訛，而有斲喪本署公信力的效應。本署函請蘋果日報報導或以廣告方式刊登本澄清稿，並協助雲林沿海居民瞭解本署對於大家未來如何共同追求真相的主張，因未獲蘋果日報採納，故以此廣告昭告國人。
目前雲林縣政府、六輕分別各自進行雲林六輕周邊地區的健康影響的流行病學調查，就是希望找出六輕對雲林，特別是沿海地區居民，健康影響的真相。發現健康影響事實的作法，必須做到調查過程的公開、透明及參與，發現的結果才會有公信力。因此，環保署這幾年推動參與機制的主張，就是針對各方關心的議題，邀請爭議的各方各自推薦其信任的專家參與。例如六輕健康影響的爭議，未來可邀請雲林沿海居民代表、環保團體、縣政府及六輕，各自推薦其信任的公共衛生與流行病學專家參與，以獨立運作與客觀方式，一起來審查健康影響調查計畫的執行方法、過程與結果。這種做法可以避免外界誤解環保署或雲林縣政府，避免有扭曲事實來偏坦任何一方的不公正做法。
環保署從來未曾有過，更未宣傳「六輕設廠後罹癌率降低了或最低」的説法，但過去確曾提醒大家，討論雲林地區六輕的健康影響時，雲林地區國民壽命過去一直在成長的事實，也是需要納入分析的一項因素。因為，六輕建廠後，必然增加雲林及全國的空氣污染排放量，使雲林地區空氣品質有一定程度的惡化，但增加的程度與國民其他活動帶來污染與利益增加的比較，是否仍在可接受範圍，需要專家一起來找答案。邀請各方信任的專家參與的目的，是希望大家可以更客觀地更有信心地面對科學判定的因果關係。與專家學者一起尋找正確答案，也可以找到真正維護國民健康的策略與措施。
蘋果日報選擇性報導民眾對政府的錯誤指責，卻不做平衡報導，不給被錯誤報導機關澄清更正的機會，本案只是本署多次類似遭遇中的一個例證。長期下來讓民眾累積極多對政府的誤解，甚而轉化為憤慨。印證某報記者所言，當今媒體有意營造一個政黨輪替的大環境，似若合符節。然此現象並非國人之福亦非國家之福，環保署在此深表遺憾。希望未來蘋果的接手經營者，能夠改變風格，為國人及國家維護一個健康的媒體傳播環境。