雲林縣政府於10月25日回應本署「環保署嚴厲譴責雲林縣政府出具公函刻意誤導民間團體企圖推卸責任」，說數字會說話，而且再三強調都是來自本署辦理的「六輕營運十年總體評鑑計畫」內容及排放量資料庫（TEDS），但雲林縣政府卻仍然沒有告訴國人，其實這些數字和資料來源根本就是來自該府環保局！環保署特別加以說明：
本署於99年所辦理的「六輕營運十年總體評鑑計畫」，其中定稿本第4-184頁表4.6-7，是分別引用六輕三期及四期核定之環評設備元件排放係數，計算六輕設備元件可能排放量。而雲林縣政府所指稱的資料來源，在99年10月28日「六輕計畫總體評鑑研討會議資料」B3場「環境面專題-六輕離島工業區空氣污染物排放量檢討」簡報第11頁、四、六輕設備元件之係數排放量比較表，列出估算六輕設備元件排放量可能達19,799噸/年（如附件），事實上，雲林縣政府沒有跟國人講清楚，這一份學者專家在當天所報告的簡報資料，其實就是雲林縣環保局所委託辦理「97年度加強離島工業區空氣污染物整合執行計畫」之計畫成果！（請參考附件原始簡報資料，該學者專家已清楚說明資料來源：97年度加強離島工業區空氣污染物整合計畫，雲林縣環保局）。環保署強調，這項計畫既然是該府環保局所委託，若有疑問則早就應該予以釐清正確數字，計算出合理排放量，才是正確作法。卻刻意隱匿該數字來源其實是該府環保局所委辦的計畫資料，竟說成是來自於本署辦理的「六輕營運十年總體評鑑研討會資料」，嚴重誤導民間團體及社會大眾。
另外，有關該府新聞稿說明(四)部分提到「地方環保局並未參與且無權限操作TEDS系統之運作，僅能單向引用TEDS資料庫數據。是以，依環保署100年1月網路公告TEDS7.1版，96年雲林縣石油煉製業NMHC年排放量達9,773公噸。」。事實上，本署整理的TEDS資料來源都是來自雲林環保局在本署建置維護的『固定污染源資料庫』、『清查資料庫』及『空污費系統資料庫』所建檔的資料。該府環保局如果修正這些數字，本署TEDS資料庫就會跟著修正。該府在新聞稿中自己已經清楚提到「環保局依據環保署建置並提供地方環保局使用之『固定污染源資料庫』、『清查資料庫』及『空污費系統資料庫』，進行污染源資料『建檔』」，該「建檔」兩字已充分說明排放清冊(TEDS)資料都是由該府環保局提供。
環保署進一步說明，TEDS7.1版(99年10月建置)原彙整該府環保局所建置96年六輕VOCs建檔資料，其總排放量為16,131公噸(石油煉製業部分為9,773公噸)，而雲林縣環保局在100年8月修正96年空氣污染防制費審查結果後，TEDS7.1版也由該府環保局所建檔的資料修正為六輕96年VOCs為3,965公噸，本署於前次新聞稿已詳盡說明，該府卻只向外界說「地方環保局並未參與且無權限操作TEDS系統之運作，僅能單向引用TEDS資料庫數據。」，卻沒有誠實的告訴國人，該府環保局審查六輕VOCs排放量從99年10月的16,131公噸，變動到100年8月3,965公噸的實際情況，隱匿事實誤導國人與環保團體，數字確實會說話!但雲林縣政府沒有把所有數字及過程完整說出來！令人遺憾！
更重要的是雲林縣政府應該告訴大家，在公函刻意隱瞞最新數字，並一再引用過去自己未更正前的數字，誇大六輕排放量，所為何來？且今日記者會説不清鐵證如山的公函誤謬，就倒過來指責環保署情緒化處理問題。環保署有責任督導雲林縣政府把事做對，把話説正確，絕不容許一再隱瞞，死不認錯！